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万見
- PDB-1r1z: The Crystal structure of the Carbohydrate recognition domain of t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r1z
タイトルThe Crystal structure of the Carbohydrate recognition domain of the glycoprotein sorting receptor p58/ERGIC-53 reveals a novel metal binding site and conformational changes associated with calcium ion binding
要素ERGIC-53 proteinVesicular-tubular cluster
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / beta-sheet (Βシート) / calcium-binding / lectin (レクチン) / mammalian (哺乳類) / endoplasmic reticulum (小胞体)
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOD GTPase cycle / : / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / : / RHOA GTPase cycle / Cargo concentration in the ER / positive regulation of organelle organization / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum organization ...RHOD GTPase cycle / : / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / : / RHOA GTPase cycle / Cargo concentration in the ER / positive regulation of organelle organization / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum organization / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Golgi organization / mannose binding / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / sarcomere / protein transport / ゴルジ体 / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / ゴルジ体 / 小胞体 / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume-like lectin / Legume-like lectin family / L-type lectin-like (leguminous) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Velloso, L.M. / Svensson, K. / Pettersson, R.F. / Lindqvist, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of the Carbohydrate-recognition Domain of the Glycoprotein Sorting Receptor p58/ERGIC-53 Reveals an Unpredicted Metal-binding Site and Conformational Changes ...タイトル: The Crystal Structure of the Carbohydrate-recognition Domain of the Glycoprotein Sorting Receptor p58/ERGIC-53 Reveals an Unpredicted Metal-binding Site and Conformational Changes Associated with Calcium Ion Binding.
著者: Velloso, L.M. / Svensson, K. / Pettersson, R.F. / Lindqvist, Y.
履歴
登録2003年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ERGIC-53 protein
B: ERGIC-53 protein
C: ERGIC-53 protein
D: ERGIC-53 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,43012
ポリマ－116,1094
非ポリマー3218
水3,477193
1
A: ERGIC-53 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1073
ポリマ－29,0271
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ERGIC-53 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1073
ポリマ－29,0271
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ERGIC-53 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1073
ポリマ－29,0271
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: ERGIC-53 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1073
ポリマ－29,0271
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.351, 81.068, 82.306
Angle α, β, γ (deg.)91.05, 94.14, 94.99
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEPHEPHEAA54 - 27333 - 252
21PHEPHEPHEPHEBB54 - 27333 - 252
31PHEPHEPHEPHECC54 - 27333 - 252
41PHEPHEPHEPHEDD54 - 27333 - 252
52HISHISGLYGLYAA28 - 447 - 23
62HISHISALAALABB25 - 447 - 26
72HISHISALAALACC25 - 447 - 26
82HISHISALAALADD25 - 447 - 26

-
要素

#1: タンパク質
ERGIC-53 protein / Vesicular-tubular cluster / ER-Golgi intermediate compartment 53 kDa protein / Lectin / mannose-binding 1 / p58


分子量: 29027.236 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: LMAN1 OR ERGIC53 / プラスミド: pFastbac / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q62902
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG8000, Calcium Chloride, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1droppH7.5
325 %(w/v)PEG80001reservoir
42 mM1reservoirCaCl2
5100 mMsodium HEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→10 Å / Num. all: 98470 / Num. obs: 42617 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 45.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 6205 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 95.7
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. obs: 42111 / % possible obs: 94.6 % / Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.3 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 4.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1gv9

1gv9


解像度: 2.4→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 8.516 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.005 / σ(I): 0.005 / ESU R: 0.49 / ESU R Free: 0.259 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24063 1071 2.5 %RANDOM
Rwork0.2225 ---
all0.223 42617 --
obs0.22297 41040 94.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.012 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.56 Å2-2.51 Å2-1.35 Å2
2---3.33 Å20.89 Å2
3---1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7592 0 8 193 7793
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0217812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2251.89910616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2565980
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.22849
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4250.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3130.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4961.54876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94427776
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.45732936
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.334.52840
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1833 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.050.05
2Btight positional0.050.05
3Ctight positional0.040.05
4Dtight positional0.040.05
1Atight thermal0.130.5
2Btight thermal0.110.5
3Ctight thermal0.080.5
4Dtight thermal0.090.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 90 -
Rwork0.273 3082 -
obs-6205 95.7 %
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.241 / Rfactor Rwork: 0.223
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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