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万見
- PDB-1qxo: Crystal structure of Chorismate synthase complexed with oxidized ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qxo
タイトルCrystal structure of Chorismate synthase complexed with oxidized FMN and EPSP
要素Chorismate synthaseコリスミ酸シンターゼ
キーワードLYASE (リアーゼ) / Beta-alpha-beta / flavoprotein (フラボタンパク質) / shikimate (シキミ酸) / anti-infective
機能・相同性
機能・相同性情報


コリスミ酸シンターゼ / chorismate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能
Chorismate synthase signature 3. / Chorismate synthase, AroC fold / Chorismate synthase AroC / Chorismate synthase signature 2. / コリスミ酸シンターゼ / Chorismate synthase, conserved site / Chorismate synthase AroC superfamily / コリスミ酸シンターゼ / Chorismate synthase signature 1. / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EPS / フラビンモノヌクレオチド / COBALT HEXAMMINE(III) / コリスミ酸シンターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Maclean, J. / Ali, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: The structure of chorismate synthase reveals a novel flavin binding site fundamental to a unique chemical reaction
著者: Maclean, J. / Ali, S.
履歴
登録2003年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chorismate synthase
B: Chorismate synthase
C: Chorismate synthase
D: Chorismate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,89730
ポリマ－173,9784
非ポリマー5,91926
水34,7511929
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38730 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area47990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.059, 124.582, 85.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Asymmetric unit contains one biological assembly (homotetramer)

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Chorismate synthase / コリスミ酸シンターゼ / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate phospholyase


分子量: 43494.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: AROC, SP1374 OR SPR1232 / プラスミド: PTX307 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P0A2Y6, コリスミ酸シンターゼ

-
非ポリマー , 5種, 1955分子

#2: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 化合物
ChemComp-EPS / 5-[(1-CARBOXYVINYL)OXY]-4-HYDROXY-3-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEX-1-ENE-1-CARBOXYLIC ACID / 5-ENOLPYRUVYLSHIKIMATE-3-PHOSPHATE / EPSP / 3-ホスホシキミ酸-1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ


分子量: 324.178 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13O10P
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1929 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, Ethylene Glycol, HEPES, Cobalt hexamine trichloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
16-10 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.5
320 mM1dropKCl
40.5 mMdithiothreitol1drop
52 mMEDTA1drop
69 %PEG80001drop
710 %ethlene glycol1drop
8100 mMHEPES1droppH7.5
92 mMFMN1reservoir
101 mMEPSP1reservoir
1112 mM1reservoir(NH3)6CoCl3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9788, 0.9790, 0.9755, 0.8855
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97881
20.9791
30.97551
40.88551
反射解像度: 2→76.7 Å / Num. all: 103113 / Num. obs: 102745 / % possible obs: 99.6 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SnB位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.222 4995 RANDOM
Rwork0.157 --
all0.16 102714 -
obs0.16 102714 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12137 0 361 1929 14427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.59
LS精密化 シェル解像度: 2→2.102 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.285 615
Rwork0.188 -
obs-12587
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.2224 / Rfactor Rwork: 0.1569
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg2.585

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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