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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sso | ||||||
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タイトル | MycE Methyltransferase from the Mycinamycin Biosynthetic Pathway in Complex with Mg and SAH, Crystal form 2 | ||||||
要素 | Methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / methyltransferase / macrolide / natural product / Rossmann Fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mycinamicin VI 2''-O-methyltransferase / mycinamicin VI 2''-O-methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / methylation / protein homotetramerization / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Micromonospora griseorubida (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.895 Å | ||||||
データ登録者 | Akey, D.L. / Smith, J.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011 タイトル: A new structural form in the SAM/metal-dependent o‑methyltransferase family: MycE from the mycinamicin biosynthetic pathway. 著者: Akey, D.L. / Li, S. / Konwerski, J.R. / Confer, L.A. / Bernard, S.M. / Anzai, Y. / Kato, F. / Sherman, D.H. / Smith, J.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3sso.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3sso.ent.gz | 900.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3sso.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3sso_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3sso_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3sso_validation.xml.gz | 108.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3sso_validation.cif.gz | 164.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/3sso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/3sso | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47035.613 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Micromonospora griseorubida (バクテリア) 遺伝子: mycE / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q83WF2, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-SAH / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20%-25% PEG 3350, 0.15 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.895→50 Å / Num. all: 225078 / Num. obs: 216642 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 1.782 / Net I/σ(I): 9.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.895→49.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.1872 / WRfactor Rwork: 0.1528 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9005 / SU B: 5.314 / SU ML: 0.072 / SU R Cruickshank DPI: 0.1217 / SU Rfree: 0.1123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 102.85 Å2 / Biso mean: 28.8522 Å2 / Biso min: 10.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.895→49.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.895→1.944 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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