[日本語] English
- PDB-3sso: MycE Methyltransferase from the Mycinamycin Biosynthetic Pathway ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sso
タイトルMycE Methyltransferase from the Mycinamycin Biosynthetic Pathway in Complex with Mg and SAH, Crystal form 2
要素Methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / macrolide / natural product / Rossmann Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


mycinamicin VI 2''-O-methyltransferase / mycinamicin VI 2''-O-methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / methylation / protein homotetramerization / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A - #30 / Methyltransferase MycE, N-terminal / MycE methyltransferase N-terminal / Methyltransferase domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Mycinamicin VI 2''-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora griseorubida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.895 Å
データ登録者Akey, D.L. / Smith, J.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2011
タイトル: A new structural form in the SAM/metal-dependent o‑methyltransferase family: MycE from the mycinamicin biosynthetic pathway.
著者: Akey, D.L. / Li, S. / Konwerski, J.R. / Confer, L.A. / Bernard, S.M. / Anzai, Y. / Kato, F. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.
履歴
登録2011年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase
B: Methyltransferase
C: Methyltransferase
D: Methyltransferase
E: Methyltransferase
F: Methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,66618
ポリマ-282,2146
非ポリマー2,45212
50,0822780
1
A: Methyltransferase
B: Methyltransferase
C: Methyltransferase
D: Methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,77712
ポリマ-188,1424
非ポリマー1,6358
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26280 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area54960 Å2
手法PISA
2
E: Methyltransferase
F: Methyltransferase
ヘテロ分子

E: Methyltransferase
F: Methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,77712
ポリマ-188,1424
非ポリマー1,6358
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area26240 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area55280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.220, 250.846, 158.315
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-1495-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Methyltransferase


分子量: 47035.613 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora griseorubida (バクテリア)
遺伝子: mycE / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q83WF2, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#3: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2780 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20%-25% PEG 3350, 0.15 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月11日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.895→50 Å / Num. all: 225078 / Num. obs: 216642 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 1.782 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.895-1.973.80.511170391.275176.3
1.97-2.054.80.398197481.445188.4
2.05-2.146.20.309218611.578197.7
2.14-2.257.30.252223331.7251100
2.25-2.397.40.205224041.8241100
2.39-2.587.50.173224771.8291100
2.58-2.847.50.15224711.9861100
2.84-3.257.50.125225472.0881100
3.25-4.097.50.106226222.0531100
4.09-507.40.084231401.471199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.895→49.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.1872 / WRfactor Rwork: 0.1528 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9005 / SU B: 5.314 / SU ML: 0.072 / SU R Cruickshank DPI: 0.1217 / SU Rfree: 0.1123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1765 10937 5 %RANDOM
Rwork0.1436 ---
obs0.1453 216609 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.85 Å2 / Biso mean: 28.8522 Å2 / Biso min: 10.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.895→49.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18768 0 162 2780 21710
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02120217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0611.95927561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3352511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.78522.7791047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.068153192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.74915213
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.22859
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02116215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.501512210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.273819773
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9558007
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.89887788
LS精密化 シェル解像度: 1.895→1.944 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 487 -
Rwork0.224 11331 -
all-11818 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.922-0.51940.13391.4804-0.61251.6977-0.16-0.19240.11220.2790.1213-0.0236-0.1322-0.12660.03870.0790.0378-0.03750.0818-0.02410.048-40.276-66.93819.774
21.6903-0.80840.55721.03030.2660.6754-0.1585-0.61-0.25690.13670.21910.17440.1006-0.2785-0.06070.2370.04690.01390.32370.10070.1137-51.466-76.37625.263
30.729-0.07080.04450.4450.12360.1719-0.0125-0.02520.04250.0290.01670.01670.0033-0.0334-0.00420.03030.0141-0.01610.03560.01350.0437-63.137-60.7070.745
40.5024-0.09440.13510.49980.24880.8649-0.00430.21560.021-0.1262-0.00310.0712-0.0877-0.00750.00750.0594-0.0011-0.03560.13460.02050.0312-63.255-70.135-24.202
51.7456-1.20220.11881.9215-0.07550.4677-0.1544-0.4192-0.24710.19170.27090.2532-0.0411-0.1647-0.11640.03590.02730.02050.16990.09680.0969-74.259-90.66411.607
61.69160.23381.22860.05280.26341.3714-0.1159-0.32060.1425-0.0213-0.02550.032-0.1797-0.22760.14140.17650.06870.00330.18990.05230.1799-55.169-84.50419.54
70.8888-0.02710.43240.4649-0.14581.0471-0.0436-0.1568-0.14490.1050.0880.08320.0741-0.1106-0.04440.10520.02990.00970.0880.07510.0852-45.19-102.880921.9696
81.0032-0.069-0.33280.27-0.14890.3448-0.0330.0276-0.1941-0.00120.0175-0.04780.0619-0.00710.01550.08390.0237-0.01970.0458-0.01060.1174-23.2643-104.03013.8651
91.81760.09250.62990.62580.19181.80250.02720.37990.059-0.0895-0.053-0.10250.07610.17490.02580.05710.02220.00030.11650.04720.0493-36.878-68.867-20.29
101.7539-0.51570.05350.7909-0.40170.3050.24590.3694-0.2317-0.2237-0.22380.13220.18440.0266-0.02210.23310.0529-0.06270.2653-0.05830.1007-40.051-83.085-25.317
110.5616-0.1228-0.06320.653-0.11180.1676-0.0040.0318-0.0153-0.01590.0042-0.05810.02190.0277-0.00020.01890.0132-0.01290.04390.00480.044-20.11-85.689-0.428
120.56180.0846-0.21180.4788-0.40731.0731-0.0079-0.1265-0.06780.19220.0176-0.0564-0.0450.0709-0.00970.11830.0375-0.02920.07740.0260.0387-29.462-89.69624.923
133.2069-0.4520.18510.7956-0.12190.47640.22880.4884-0.3466-0.201-0.13150.0710.1350.1282-0.09730.12260.0693-0.0570.0991-0.06370.0984-41.0082-110.1554-12.1583
140.6727-1.1860.6632.1659-1.38591.31050.10060.13280.0611-0.17-0.256-0.13940.10350.260.15540.0980.0349-0.03540.1967-0.02010.1367-45.713-90.172-19.326
150.711-0.26940.32750.9139-0.35780.92510.08040.1825-0.1464-0.1106-0.0380.10420.12760.0072-0.04240.07560.0067-0.05920.1208-0.04330.0738-66.455-90.706-22.268
160.8466-0.3315-0.07181.0130.58070.4922-0.00810.0151-0.07720.0341-0.04240.24670.0335-0.08980.05060.0607-0.0021-0.00840.10820.03530.1204-78.069-72.64-3.929
170.8296-0.741-0.02542.94730.24290.60330.08410.09390.0984-0.55560.0151-0.3901-0.15470.0439-0.09920.1377-0.0360.09560.0543-0.02370.122844.6099-108.5105-11.1348
181.29090.3858-0.24032.40331.38940.9834-0.20830.04010.0536-1.04080.06150.2751-0.5686-0.0030.14680.65110.01-0.07720.25890.00930.286431.0447-102.3944-16.306
190.62560.1911-0.05040.84470.27270.74440.04830.09150.0093-0.22150.0011-0.1544-0.06510.0638-0.04940.12610.02660.06250.0748-0.02870.070737.8949-136.4461-22.2109
200.41210.1976-0.31050.937-0.25330.3910.0161-0.0162-0.1371-0.0177-0.0229-0.14880.04180.03940.00680.08870.0192-0.02870.0722-0.01910.135730.0907-156.7472-4.5251
210.9826-0.4839-0.45011.47150.46351.85030.09250.14380.0402-0.3518-0.12170.0943-0.1776-0.030.02920.12270.0185-0.04270.0538-0.02080.04655.9666-123.4281-20.1848
220.3421-0.17210.24292.24660.1750.2943-0.07080.05180.0094-0.6060.0985-0.289-0.10230.1867-0.02770.3358-0.00720.08060.242-0.02670.110919.5652-118.7691-25.5932
230.51170.11270.13560.6719-0.02270.08950.01430.02040.0544-0.0397-0.01020.0286-0.03560.0053-0.00410.04840.00290.00940.0179-0.01960.049512.1374-100.4355-0.3365
240.6559-0.09620.45080.64380.02730.79960.0389-0.20430.08230.2366-0.0457-0.0094-0.0502-0.08850.00670.1466-0.04650.00490.0958-0.04170.042220.1448-106.576425.1275
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2A129 - 175
3X-RAY DIFFRACTION3A176 - 320
4X-RAY DIFFRACTION4A321 - 398
5X-RAY DIFFRACTION5B6 - 142
6X-RAY DIFFRACTION6B143 - 185
7X-RAY DIFFRACTION7B186 - 326
8X-RAY DIFFRACTION8B327 - 399
9X-RAY DIFFRACTION9C6 - 128
10X-RAY DIFFRACTION10C129 - 175
11X-RAY DIFFRACTION11C176 - 326
12X-RAY DIFFRACTION12C327 - 398
13X-RAY DIFFRACTION13D6 - 142
14X-RAY DIFFRACTION14D143 - 187
15X-RAY DIFFRACTION15D188 - 329
16X-RAY DIFFRACTION16D330 - 399
17X-RAY DIFFRACTION17E6 - 128
18X-RAY DIFFRACTION18E129 - 169
19X-RAY DIFFRACTION19E170 - 326
20X-RAY DIFFRACTION20E327 - 399
21X-RAY DIFFRACTION21F6 - 128
22X-RAY DIFFRACTION22F129 - 175
23X-RAY DIFFRACTION23F176 - 326
24X-RAY DIFFRACTION24F327 - 398

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る