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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qpd | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL ANALYSIS OF THE LYMPHOCYTE-SPECIFIC KINASE LCK IN COMPLEX WITH NON-SELECTIVE AND SRC FAMILY SELECTIVE KINASE INHIBITORS | ||||||
要素 | LCK KINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ALPHA BETA FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of lymphocyte activation / positive regulation of leukocyte cell-cell adhesion / Fc-gamma receptor signaling pathway / CD28 co-stimulation / intracellular zinc ion homeostasis / FLT3 signaling through SRC family kinases / CD4 receptor binding / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Nef and signal transduction / Interleukin-2 signaling ...regulation of lymphocyte activation / positive regulation of leukocyte cell-cell adhesion / Fc-gamma receptor signaling pathway / CD28 co-stimulation / intracellular zinc ion homeostasis / FLT3 signaling through SRC family kinases / CD4 receptor binding / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Nef and signal transduction / Interleukin-2 signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / protein serine/threonine phosphatase activity / Regulation of KIT signaling / CTLA4 inhibitory signaling / leukocyte migration / phospholipase activator activity / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / 中心体マトリックス / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / PECAM1 interactions / phospholipase binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / RHOH GTPase cycle / 造血 / Generation of second messenger molecules / 免疫シナプス / T cell differentiation / CD8 receptor binding / PD-1 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / release of sequestered calcium ion into cytosol / GPVI-mediated activation cascade / T cell costimulation / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / phosphotyrosine residue binding / SH2 domain binding / T cell receptor binding / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Signaling by SCF-KIT / 凝固・線溶系 / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / PIP3 activates AKT signaling / DAP12 signaling / ATPase binding / T cell receptor signaling pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / intracellular signal transduction / response to xenobiotic stimulus / 脂質ラフト / protein phosphorylation / signaling receptor binding / 自然免疫系 / protein kinase binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, X. / Kim, J.L. / Rose, P.E. / Stover, D.R. / Toledo, L.M. / Zhao, H. / Morgenstern, K.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: Structural analysis of the lymphocyte-specific kinase Lck in complex with non-selective and Src family selective kinase inhibitors. 著者: Zhu, X. / Kim, J.L. / Newcomb, J.R. / Rose, P.E. / Stover, D.R. / Toledo, L.M. / Zhao, H. / Morgenstern, K.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qpd.cif.gz | 67 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qpd.ent.gz | 52.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qpd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/1qpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/1qpd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32176.662 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: LYMPHOCYTE / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / Cell (発現宿主): LYMPHOCYTE / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P06239, EC: 2.7.1.112 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-STU / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.37 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: AMMONIUM SULPHATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 20010 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.121 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS % possible obs: 99 % / Num. measured all: 161934 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→5 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 98 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 5 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.195 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 2 |