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- PDB-1qo4: ARABIDOPSIS THALIANA PEROXIDASE A2 AT ROOM TEMPERATURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qo4
タイトルARABIDOPSIS THALIANA PEROXIDASE A2 AT ROOM TEMPERATURE
要素PEROXIDASEペルオキシダーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PEROXIDASE (ペルオキシダーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to nematode / ABCモデル / lactoperoxidase activity / ペルオキシダーゼ / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / ゴルジ体 / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Plant peroxidase / Secretory peroxidase / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. ...Plant peroxidase / Secretory peroxidase / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / ペルオキシダーゼ / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Peroxidase 53
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Henriksen, A. / Gajhede, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Differential Activity and Structure of Highly Similar Peroxidases. Spectroscopic, Crystallographic, and Enzymatic Analyses of Lignifying Arabidopsis Thaliana Peroxidase A2 and Horseradish Peroxidase A2
著者: Nielsen, K.L. / Indiani, C. / Henriksen, A. / Feis, A. / Becucci, M. / Gajhede, M. / Smulevich, G. / Welinder, K.G.
履歴
登録1999年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7824
ポリマ－32,0861
非ポリマー6973
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.290, 74.848, 80.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PEROXIDASE / ペルオキシダーゼ / ATP A2 / MYELOPEROXIDASE


分子量: 32085.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q42578, ペルオキシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MET A 0 INSERTED AS A CLONING ARTIFACT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.2 M MG(CH3COO)2, 0.1 M CACODYLATE PH 6.5, 20 % PEG8000
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ostergaard, L., (2000) Plant Mol. Biol., 44, 231.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.98 mg/mlprotein1drop
20.1 M1dropMg(CH3COO)2
30.5 Mcacodylate1drop
410 %(w/v)PEG80001drop
50.2 M1reservoirMg(CH3COO)2
60.1 Mcacodylate1reservoir
720 %(w/v)PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→39 Å / Num. obs: 5887 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rsym value: 0.165 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.295 / % possible all: 97.3
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % possible obs: 97.8 % / Num. measured all: 27478 / Rmerge(I) obs: 0.165
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.11 Å / % possible obs: 97.3 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 4.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PA2

1pa2


解像度: 3→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 70416.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: A 3SIGMA FO-FC DENSITY APPEARS WITH A CENTER 2.5 ANGSTROM ABOVE THE HEME IRON. A WATER MOLECULE COULD NOT BE FITTED TO THIS DENSITY AS NO POSITIVE 2FO-FC ELECTRON DENSITY IS RETURNED. THE ...詳細: A 3SIGMA FO-FC DENSITY APPEARS WITH A CENTER 2.5 ANGSTROM ABOVE THE HEME IRON. A WATER MOLECULE COULD NOT BE FITTED TO THIS DENSITY AS NO POSITIVE 2FO-FC ELECTRON DENSITY IS RETURNED. THE POSITIVE FO-FC DENSITY COULD ORIGINATE FROM A FRACTIONALLY OCCUPIED WATER MOLECULE. A FRACTIONALLY OCCUPIED WATER MOLECULE IS NOT INCLUDED IN THIS POSITION DUE TO THE RELATIVE LOW RESOLUTION OF THE DATA.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 314 5.6 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.183 5560 93 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.310099 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2249 0 45 68 2362
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.12
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.055 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 46 5.3 %
Rwork0.22 822 -
obs--90.9 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.12
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 3.11 Å / Rfactor Rwork: 0.22 / Rfactor obs: 0.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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