+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qhn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CHLORAMPHENICOL PHOSPHOTRANSFERASE FROM STREPTOMYCES VENEZUELAE | ||||||
要素 | CHLORAMPHENICOL PHOSPHOTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / KINASE (キナーゼ) / ANTIBIOTIC RESISTANCE (抗微生物薬耐性) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / MONONUCLEOTIDE BINDING FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) / kinase activity / リン酸化 / response to antibiotic / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces venezuelae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Izard, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2000 タイトル: The Crystal Structures of Chloramphenicol Phosphotransferase Reveal a Novel Inactivation Mechanism 著者: Izard, T. / Ellis, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qhn.cif.gz | 46.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1qhn.ent.gz | 34.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qhn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/1qhn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/1qhn | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19115.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces venezuelae (バクテリア) / 株: ISP5230 参照: UniProt: Q56148, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 8.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 86 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9785, 0.9783, 0.88 | ||||||||||||
検出器 | 検出器: CCD | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 18936 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.52 % / Biso Wilson estimate: 54.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 12.8 / Net I/σ(I): 11.1 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.78 Å / Rmerge(I) obs: 0.368 / Rsym value: 36.8 / % possible all: 100 | ||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 255940 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→99 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 9801121.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.1 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.9 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→99 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|