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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qd2 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF TRICHOSANTHIN WITH ADENINE, OBTAINED FROM TRICHOSANTHIN COMPLEXED WITH THE DINUCLEOTIDE APG | ||||||
要素 | TRICHOSANTHIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ENZYME-PRODUCT COMPLEX OBTAINED FROM ENZYME-SUBSTRATE ANALOG COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of defense response to virus / RRNA-N-グリコシラーゼ / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trichosanthes kirilowii (チョウセンカラスウリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.86 Å | ||||||
データ登録者 | Gu, Y.J. / Xia, Z.X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2000 タイトル: Crystal structures of the complexes of trichosanthin with four substrate analogs and catalytic mechanism of RNA N-glycosidase. 著者: Gu, Y.J. / Xia, Z.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qd2.cif.gz | 63.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qd2.ent.gz | 46.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qd2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/1qd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/1qd2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27166.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichosanthes kirilowii (チョウセンカラスウリ) 参照: UniProt: P09989, RRNA-N-グリコシラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.89 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: HANGING DROP, CITRATE BUFFER, POTASSIUM CHLORIDE, DINUCLEOTIDE APG. NATIVE CRYSTALS SOAKED IN SOLUTION CONTAINING DINUCLEOTIDE APG, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→10 Å / Num. all: 20045 / Num. obs: 20045 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 11.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.9 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / % possible all: 90.3 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.86→10 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: X-PLOR DICTIONARY
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |