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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qc6 | ||||||
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タイトル | EVH1 domain from ENA/VASP-like protein in complex with ACTA peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / AN INCOMPLETE SEVEN STRANDED ANTI-PARALLEL BETA BARREL CLOSED BY AN ALPHA HELIX / EVH1 DOMAIN / ACTIN-BASED CELL MOTILITY / INTERACTION MODULE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Signaling by ROBO receptors / negative regulation of ruffle assembly / actin nucleation / actin filament-based movement / negative regulation of epithelial cell migration / RHO GTPases Activate Formins / profilin binding / barbed-end actin filament capping / actin polymerization or depolymerization / positive regulation of actin filament polymerization ...Signaling by ROBO receptors / negative regulation of ruffle assembly / actin nucleation / actin filament-based movement / negative regulation of epithelial cell migration / RHO GTPases Activate Formins / profilin binding / barbed-end actin filament capping / actin polymerization or depolymerization / positive regulation of actin filament polymerization / phagocytic vesicle / positive regulation of stress fiber assembly / 軸索誘導 / 凝固・線溶系 / SH3 domain binding / cellular response to type II interferon / lamellipodium / actin binding / protein homotetramerization / 細胞骨格 / focal adhesion / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Gertler, F.B. / Almo, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Structure of EVH1, a novel proline-rich ligand-binding module involved in cytoskeletal dynamics and neural function 著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E. / Gertler, F. / Almo, S.C. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996 タイトル: Mena, a relative of VASP and Drosophila Enabled is implicated in the control of microfilament dynamics 著者: Gertler, F.B. / Niebuhr, K. / Reinhard, M. / Wehland, J. / Soriano, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qc6.cif.gz | 55.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qc6.ent.gz | 43.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qc6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/1qc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/1qc6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is constructed from chains 1A and 2A / The biological assembly is constructed from chains 1B and 2B |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14796.967 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 変異: MET 1,14,105,112 MODIFIED TO SELENOMET / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: brain脳 / プラスミド: GST-FUSION / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P70429 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1304.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: THE PROLINE-RICH PEPTIDE PREPARED BY PEPTIDE SYNTHESIS #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: ammonium sulfate, DTT, sodium azide, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K Temp details: room temperature | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.980544, 0.978455, 0.941310 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月15日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 8216 / Num. obs: 7926 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.3 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 723 / % possible all: 88.1 | ||||||||||||
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.09 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→8 Å / Rfactor Rfree error details: random / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | |||||||||||||||||||||||||
Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: TOPHCSDX.PRO | |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 8 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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