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万見
- PDB-1q9j: Structure of polyketide synthase associated protein 5 from Mycoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q9j
タイトルStructure of polyketide synthase associated protein 5 from Mycobacterium tuberculosis
要素Polyketide synthase associated protein 5
キーワードLIGASE (リガーゼ) / POLYKETIDE SYNTHASE ASSOCIATED PROTEIN / CONJUGATING ENZYME PAPA5 / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


phenolphthiocerol/phthiocerol/phthiodiolone dimycocerosyl transferase / Dimycocersyl phthiocerol biosynthesis / O-acyltransferase activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / lipid biosynthetic process / acyltransferase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Phthiocerol/phthiodiolone dimycocerosyl transferase, C-terminal / Phthiocerol/phthiodiolone dimycocerosyl transferase C-terminus / Nonribosomal peptide synthetase, condensation domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phthiocerol/phthiodiolone dimycocerosyl transferase / Phthiocerol/phthiodiolone dimycocerosyl transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Buglino, J. / Onwueme, K.C. / Quadri, L.E. / Lima, C.D. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of PapA5, a Phthiocerol Dimycocerosyl Transferase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Buglino, J. / Onwueme, K.C. / Ferreras, J.A. / Quadri, L.E. / Lima, C.D.
履歴
登録2003年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase associated protein 5
B: Polyketide synthase associated protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9312
ポリマ－90,9312
非ポリマー00
水4,071226
1
A: Polyketide synthase associated protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4661
ポリマ－45,4661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Polyketide synthase associated protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4661
ポリマ－45,4661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Polyketide synthase associated protein 5

B: Polyketide synthase associated protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9312
ポリマ－90,9312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area35180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.982, 172.982, 80.535
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Polyketide synthase associated protein 5 / papA5 / probable papA5 protein


分子量: 45465.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: PAPA5 / プラスミド: PSMT3 (MODIFIED PET28B) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P96208, UniProt: P9WIN5*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 5-10% PEG 4000, 0.2M Ammonium Acetate, 5% Glycerol, 0.02M DTT, 0.1M Sodium Citrate pH 5, pH 5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X9A10.9798
シンクロトロンNSLS X4A20.9798
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2002年11月25日
ADSC QUANTUM 42CCD2003年3月27日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→20 Å / Num. all: 35971 / Num. obs: 34892 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 70.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3074 / % possible all: 86.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS1.1精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.75→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 1669 4.9 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.2361 33906 93.7 %-
all-36186 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.1484 Å2 / ksol: 0.304098 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 68.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.65 Å212.19 Å20 Å2
2--5.65 Å20 Å2
3----11.31 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.51 Å / Luzzati sigma a free: 0.59 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6001 0 0 226 6227
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.661.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.582
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.312.5
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 211 4.6 %
Rwork0.364 4418 -
obs--77.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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