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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q8t | ||||||
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タイトル | The Catalytic Subunit of cAMP-dependent Protein Kinase (PKA) in Complex with Rho-kinase Inhibitor Y-27632 | ||||||
要素 |
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キーワード | Transferase/Transferase Inhibitor / KINASE-INHIBITOR-COMPLEX / PHOSPHOTRANSFERASE/INHIBITOR / CAMP (CAMP) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / ATP-BINDING / PKA / RHO-KINASE / Transferase-Transferase Inhibitor COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production ...CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / VEGFA-VEGFR2 Pathway / PKA activation / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / プロテインキナーゼA / cAMP-dependent protein kinase activity / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / negative regulation of protein import into nucleus / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / protein kinase A signaling / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / acrosomal vesicle / neuromuscular junction / cellular response to heat / peptidyl-serine phosphorylation / protein kinase activity / protein domain specific binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Breitenlechner, C. / Gassel, M. / Hidaka, H. / Kinzel, V. / Huber, R. / Engh, R.A. / Bossemeyer, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2003 タイトル: Protein kinase A in complex with Rho-kinase inhibitors Y-27632, Fasudil, and H-1152P: structural basis of selectivity. 著者: Breitenlechner, C. / Gassel, M. / Hidaka, H. / Kinzel, V. / Huber, R. / Engh, R.A. / Bossemeyer, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1q8t.cif.gz | 88.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1q8t.ent.gz | 71.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1q8t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/1q8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/1q8t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40786.395 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic Subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PRKACA / プラスミド: pT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21DE3 / 参照: UniProt: P00517, EC: 2.7.1.37 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 5-24 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. / 参照: UniProt: P04541, UniProt: P61925*PLUS |
#3: 化合物 | ChemComp-Y27 / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: LiCl, MesBisTris, methanol, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 278 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月3日 / 詳細: GRAPHITE MONOCHROMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→15.8 Å / Num. all: 31595 / Num. obs: 30878 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / % possible all: 88.7 |
反射 | *PLUS % possible obs: 97.8 % / Rmerge(I) obs: 0.12 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→15.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.301 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.163 / 詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.741 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→15.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 15.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 0.181 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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