PDB-1q8s: Pterocarpus angolensis lectin (PAL) in complex with the dimannosi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1q8s

タイトル

Pterocarpus angolensis lectin (PAL) in complex with the dimannoside Man(alpha1-6)Man

要素

lectin

レクチン

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN /

lectin (レクチン) /

carbohydrate (炭水化物) /

mannose (マンノース)

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pterocarpus angolensis (マメ科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Loris, R. / Van Walle, I. / De Greve, H. / Beeckmans, S. / DeBoeck, F. / Wyns, L. / Bouckaert, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural Basis of Oligomannose Recognition by the Pterocarpus angolensis Seed Lectin
著者: Loris, R. / Van Walle, I. / De Greve, H. / Beeckmans, S. / Deboeck, F. / Wyns, L. / Bouckaert, J.

履歴

登録	2003年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: diffrn_source / entity_poly ...diffrn_source / entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1q8s.cif.gz	107.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1q8s.ent.gz	84.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1q8s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/1q8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/1q8s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1q8oC 1q8pC 1q8qC 1q8vC 1ukgC 1n3o 1n3p 1n3q C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2phf-d 2phr-d 1n3p-d 1s1a-d 2phu-d 2lal-d 2ar6-d 2pht-d 1ukg-d 1q8p-d 5eyx-d 2gnd-d 3zvx-d 2phx-d 4q1b-d 5u38-1 4p9y-d 3m6y-3 4qbh-d 1q8v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (7) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (7)

登録構造単位

A: lectin

B: lectin

ヘテロ分子

56 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.88, 83.38, 122.57
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

lectin /

レクチン / lectin PAL

分子量: 27558.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Pterocarpus angolensis (マメ科) / 参照:

GenBank: 27368665, UniProt: Q8GSD2*PLUS

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-methyl alpha-D-mannopyranoside

分子量: 356.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-6DManp[1Me]a1-OME	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122h-1a_1-5_1*OC][a1122h-1a_1-5]/1-2/a6-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION

分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

#4: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.43 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG8000, Na-cacodylate, Ca-acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

pH: 7.45 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Loris, R., (2003) J.BIOL.CHEM., 278, 16297.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	10 mM	sugar	1	drop
3	20 mM	Tris-HCl	1	drop	pH7.45
4	200 mM	calcium acetate	1	reservoir
5	100 mM	sodium cacodylate	1	reservoir	pH6.5
6	20 %(w/v)	PEG8000	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.05→35 Å / Num. all: 37147 / Num. obs: 37147 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.05→2.12 Å / R_merge(I) obs: 0.518 / Num. unique all: 2997 / % possible all: 94.7
反射	PLUS Num. measured all*: 160081

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→17.65 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.216	3019	random
R_work	0.182	-	-
all	0.185	37147	-
obs	0.185	37147	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→17.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3713	0	52	218	3983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006098
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.55243

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.2161 / R_factor R_work: 0.1824

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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