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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q0u | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the BstDEAD N-terminal Domain | ||||||
要素 | BstDEAD | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / DEAD PROTEIN (死) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Carmel, A.B. / Matthews, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: RNA / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of the BstDEAD N-terminal domain: a novel DEAD protein from Bacillus stearothermophilus 著者: Carmel, A.B. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1q0u.cif.gz | 95.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1q0u.ent.gz | 78.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1q0u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/1q0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/1q0u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | BIOLOGICAL UNIT CONTAINED WITHIN ASYMMETRIC UNIT |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25499.406 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)gold / 参照: UniProt: P83699 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: PEG 1550, CAPS, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.9789, 0.9792, 0.9252 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月12日 / 詳細: mirror | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.85→25 Å / Num. obs: 40958 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 6.6 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2614 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT LIBRARY
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→25 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.286 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.3 |