PDB-1pzd: Structural Identification of a conserved appendage domain in the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pzd

タイトル

Structural Identification of a conserved appendage domain in the carboxyl-terminus of the COPI gamma-subunit.

要素

Coatomer gamma subunit

キーワード

ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / platform domain /

appendage domain (付属肢) / ear domain / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

COPI vesicle coat / organelle transport along microtubule / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum /

protein secretion /

endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport /

intracellular protein transport /

ゴルジ体 / structural molecule activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Hoffman, G.R. / Rahl, P.B. / Collins, R.N. / Cerione, R.A.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Conserved Structural Motifs in Intracellular Trafficking Pathways. Structure of the gammaCOP Appendage Domain.
著者: Hoffman, G.R. / Rahl, P.B. / Collins, R.N. / Cerione, R.A.

履歴

登録	2003年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2018年1月31日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE RESIDUES 555-603 were included in the crystalized protein but did not show any electron ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pzd.cif.gz	70.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pzd.ent.gz	51.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pzd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/1pzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/1pzd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5xtm-2 4arn-3 6ulp-d 2dvj-d 6lxs-d 1zu5-2 1eqn-3 1n67-d 6zm3-1 3hsv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (5) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coatomer gamma subunit

ヘテロ分子

36 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.570, 89.560, 98.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Coatomer gamma subunit / Gamma-coat protein / Gamma-COP 分子量: 35748.184 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 555-874 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: COPG / プラスミド: pGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P53620
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.8 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM sodium citrate and 1.5-1.7M lithium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 18K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	20 mg/ml	protein	1	drop
2	20 mM	Tris	1	drop	pH7.5
3	1.4-1.7 M		1	reservoir		Li2SO4
4	100 mM	sodium citrate	1	reservoir	pH6.0

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
2	1
1	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	CHESS	A1	1	0.92
シンクロトロン	CHESS	F2	2	0.9789, 0.9783, 0.9500

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.92	1
2	0.9789	1
3	0.9783	1
4	0.95	1

反射

解像度: 2.3→44 Å / Num. obs: 19621 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 54.5 Å² / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 6.3

反射シェル

解像度: 2.3→2.44 Å / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SnB		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.31→43.19 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	1967	10 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
all	0.2041	-	-	-
obs	0.199	19621	98.1 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 59.4314 Å² / k_sol: 0.322238 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	20.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-20.55 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.36 Å / Luzzati sigma a free: 0.4 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→43.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2123	0	15	152	2290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	25.1
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.67
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	6.77	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	10.02	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	10.28	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	13.67	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.44 Å / R_factor R_free error: 0.022 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	292	10.2 %
R_work	0.336	2582	-
obs	-	-	87.5 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	ION.PARAM	ION.TOP

精密化

*PLUS

% reflection R_free: 10 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	25.1
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.67

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.383 / R_factor R_work: 0.342

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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