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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pvo
タイトルX-ray crystal structure of Rho transcription termination factor in complex with ssRNA substrate and ANPPNP
要素
  • 5'-R(P*UP*C)-3'
  • Transcription termination factor rho
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / Rho-ANPPNP-ssRNA complex / TRANSCRIPTION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent activity, acting on RNA / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / Cold shock domain ...Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / Cold shock domain / Cold shock protein domain / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / リボ核酸 / Transcription termination factor Rho
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Skordalakes, E. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2003
タイトル: Structure of the Rho transcription terminator: mechanism of mRNA recognition and helicase loading
著者: Skordalakes, E. / Berger, J.M.
履歴
登録2003年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: 5'-R(P*UP*C)-3'
H: 5'-R(P*UP*C)-3'
J: 5'-R(P*UP*C)-3'
K: 5'-R(P*UP*C)-3'
L: 5'-R(P*UP*C)-3'
A: Transcription termination factor rho
B: Transcription termination factor rho
C: Transcription termination factor rho
D: Transcription termination factor rho
E: Transcription termination factor rho
F: Transcription termination factor rho
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)288,29017
ポリマ－285,25311
非ポリマー3,0376
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.249, 204.649, 147.788
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: RNA鎖
5'-R(P*UP*C)-3'


分子量: 566.390 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
Transcription termination factor rho


分子量: 47070.168 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: RHO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG30
#3: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05 M Cacodylate (pH 6.5), 0.05 M NaCl, 2.5% PEG 8K, 20% glycerol, 0.3 mM n-Nonyl-beta-D-thiomaltoside, 1mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Cacodylateカコジル酸11
2NaCl塩化ナトリウム11
3PEG11
4glycerolグリセリン11
5n-Nonyl-beta-D-thiomaltoside11
6TCEP11
7H2O11
8Cacodylateカコジル酸12
9NaCl塩化ナトリウム12
10PEG12
11H2O12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMTris-HCl1droppH7.5
250 mM1dropNaCl
3100 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5
4100 mM1reservoirNaCl
55 %PEG80001reservoir
640 %glycerol1reservoir
70.6 mMn-Nonyl-beta-D-thiomaltoside1reservoir
82 mMTCEP1reservoir
91
101
111

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 77507 / Num. obs: 64912 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 2.5 / Biso Wilson estimate: 92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 3→3.12 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.332 / % possible all: 95
反射
*PLUS
% possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.332

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PV4

1pv4


解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 20.152 / SU ML: 0.381 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R Free: 0.518 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30369 3727 5 %RANDOM
Rwork0.27084 ---
obs0.27381 70421 95.7 %-
all-77507 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.251 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20 Å2-1.66 Å2
2--1.42 Å20 Å2
3----2.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18846 200 186 14 19246
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02219525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2522.00126361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.09652373
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.23041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2480.29511
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2699
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.060.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5751.511903
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.098219211
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4337622
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5794.57150
LS精密化 シェル解像度: 3→3.124 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.523 245
Rwork0.418 4648
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.34520.0916-5.68186.1986.005714.7909-0.350.2727-0.40990.4030.7996-0.47150.64150.5178-0.44960.9772-0.1184-0.12750.6667-0.12931.1918-12.714-57.3051-10.1492
212.85446.38784.628317.5026-1.54213.6791-0.30180.3198-0.16060.56140.49040.79820.16620.2928-0.18850.15930.41630.11951.1968-0.00311.0068-51.898813.840128.0707
39.57644.4378-3.8667.7585-2.13866.73750.00480.4140.9175-0.0717-0.02240.2735-0.3631-0.10950.01761.18520.31340.04490.98670.27161.1927-15.807647.357121.1748
48.40922.1910.28747.54310.11065.06020.4589-0.10540.3404-0.5528-0.10420.00430.11830.4467-0.35471.0852-0.01560.1731.13730.22251.094430.751834.16668.9709
56.08151.87120.628919.41622.07551.7629-0.08470.33710.0194-0.57440.5159-1.28470.55020.3103-0.43121.1050.21240.07381.1713-0.23810.91945.7488-13.12910.56
60.45180.34580.40362.56691.59695.468-0.21090.1668-0.1348-0.05920.04580.37580.1556-0.23970.16511.0439-0.0528-0.08060.94530.0471.2454-24.8223-44.11736.4076
71.76371.3878-0.46945.32570.93330.0852-0.20910.5383-0.1107-0.7221-0.07681.7854-0.2754-0.24850.28590.69040.1258-0.15471.3264-0.20431.6006-46.9654-12.650525.5564
82.66080.5721.2682.05790.13474.9278-0.10850.24410.1411-0.1980.30170.4466-0.3647-0.4795-0.19320.95770.35890.06061.21770.08531.1239-34.29328.456127.778
93.0198-1.03161.30261.3401-1.32563.6240.0260.7520.4087-0.162-0.0218-0.2254-0.4533-0.012-0.00421.22960.0210.07071.12960.11871.22466.035541.341418.589
101.9553-0.25151.583.2455-0.75494.86090.2280.16860.1859-0.83630.0321-0.06180.18530.1616-0.261.03870.06360.16381.21820.04091.12738.427313.277712.2627
112.12571.14013.49751.6368-0.13598.7357-0.03470.2161-0.2034-0.26630.4256-0.11220.6545-0.107-0.39091.26540.2626-0.14990.8215-0.16141.041935.5427-28.813523.4428
123.0159-0.8353-0.32113.19480.98044.9186-0.0484-0.15970.12880.19090.3332-0.41080.13040.7277-0.28480.9720.1166-0.0851.0333-0.09061.2397-8.7027-33.627424.9587
130.9543-0.20020.13873.43940.862.7640.06690.0595-0.10280.4695-0.02470.24030.34260.0045-0.04221.06960.04330.12131.10430.01051.1812-26.4178-12.356141.689
141.59360.7440.0782.37520.96412.20020.0517-0.1054-0.17310.2206-0.00250.04520.0969-0.0788-0.04921.12970.17720.11411.21330.04031.1106-18.340518.30446.5307
152.6975-0.30040.28171.73550.52180.9645-0.0698-0.25030.08670.25280.1897-0.2021-0.0493-0.0208-0.11991.26440.11360.02191.1824-0.04961.225611.354430.033641.9178
161.9134-0.48440.66571.743-0.22091.4468-0.0459-0.10110.22090.21810.0702-0.1486-0.04910.0517-0.02431.13270.04730.01171.2503-0.08821.291137.833411.975738.6535
171.5255-0.0360.84381.8876-0.45683.00460.2147-0.1522-0.00110.1748-0.06320.01970.3624-0.0579-0.15151.31990.107-0.12871.0893-0.05851.023839.5292-18.728847.6973
18-7.7218-3.6013-1.750312.2542-11.573533.72831.2275-0.9568-0.65871.4084-1.2281.18090.0066-0.1920.00051.25930.0010.00011.25990.00021.25940.8124-47.049947.3241
1910.8165.4119-12.3017.57160.604951.0470.1549-1.06623.7090.6931-0.3353-0.6814-1.36610.71730.18041.2596-0.00010.00021.25980.00031.2592-25.9709-18.604668.8482
20-1.1434-18.95610.4713-47.2272-1.752423.4104-1.0631-0.7842-0.01460.77030.46041.1218-0.22951.14850.60261.26220.03620.00611.26350.03451.2624-19.052925.956172.689
21-20.30588.07288.203428.26620.421713.33941.61781.5301-0.91231.4449-1.8541-1.0186-1.06961.11320.23631.2599-0.0007-0.0021.2588-0.00171.260320.666643.196564.1563
2221.783-6.405312.74078.4624-7.6235.7864-0.3994-0.83050.0409-0.9046-0.9735-0.35121.18190.34811.3731.2595-0.0001-0.00081.2597-0.00021.259858.007819.932755.512
232.53396.439124.3223-13.8103-10.728620.14390.1736-0.6478-0.4632-0.81750.1147-1.12490.4504-0.2377-0.28831.25980.0001-0.00011.2599-0.00021.259560.8263-23.262163.5315
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AF1 - 461 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2CH1 - 461 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3DI1 - 461 - 46
4X-RAY DIFFRACTION4EJ1 - 461 - 46
5X-RAY DIFFRACTION5FK1 - 461 - 46
6X-RAY DIFFRACTION6AF47 - 15547 - 155
7X-RAY DIFFRACTION7BG51 - 15551 - 155
8X-RAY DIFFRACTION8CH47 - 15547 - 155
9X-RAY DIFFRACTION9DI47 - 15547 - 155
10X-RAY DIFFRACTION10EJ47 - 15547 - 155
11X-RAY DIFFRACTION11FK47 - 15547 - 155
12X-RAY DIFFRACTION12AF156 - 400156 - 400
13X-RAY DIFFRACTION13BG156 - 400156 - 400
14X-RAY DIFFRACTION14CH156 - 400156 - 400
15X-RAY DIFFRACTION15DI156 - 400156 - 400
16X-RAY DIFFRACTION16EJ156 - 400156 - 400
17X-RAY DIFFRACTION17FK156 - 400156 - 400
18X-RAY DIFFRACTION18AF401 - 417401 - 417
19X-RAY DIFFRACTION19BG401 - 417401 - 417
20X-RAY DIFFRACTION20CH401 - 417401 - 417
21X-RAY DIFFRACTION21DI401 - 417401 - 417
22X-RAY DIFFRACTION22EJ401 - 417401 - 417
23X-RAY DIFFRACTION23FK401 - 417401 - 417
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.303 / Rfactor Rwork: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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