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万見
- PDB-1pq6: HUMAN LXR BETA HORMONE RECEPTOR / GW3965 COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pq6
タイトルHUMAN LXR BETA HORMONE RECEPTOR / GW3965 COMPLEX
要素Oxysterols receptor LXR-beta
キーワードtranscription regulation / LXRB+KB043546/WAY207380/GW3965
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / positive regulation of lipoprotein lipase activity / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of triglyceride biosynthetic process ...positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / positive regulation of lipoprotein lipase activity / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of lipid storage / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of lipid transport / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of cholesterol efflux / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / nuclear retinoid X receptor binding / hormone-mediated signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of protein metabolic process / VLDLR internalisation and degradation / positive regulation of miRNA transcription / SUMOylation of intracellular receptors / cholesterol homeostasis / mRNA transcription by RNA polymerase II / negative regulation of proteolysis / PPARA activates gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / chromatin DNA binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Liver X receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Liver X receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-965 / ISOPROPYL ALCOHOL / Oxysterols receptor LXR-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Farnegardh, M. / Bonn, T. / Sun, S. / Ljunggren, J. / Ahola, H. / Wilhelmsson, A. / Gustafsson, J.-A. / Carlquist, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The three-dimensional structure of the liver X receptor beta reveals a flexible ligand-binding pocket that can accommodate fundamentally different ligands.
著者: Farnegardh, M. / Bonn, T. / Sun, S. / Ljunggren, J. / Ahola, H. / Wilhelmsson, A. / Gustafsson, J.-A. / Carlquist, M.
履歴
登録2003年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxysterols receptor LXR-beta
B: Oxysterols receptor LXR-beta
C: Oxysterols receptor LXR-beta
D: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,0959
ポリマ－116,2294
非ポリマー1,8665
水3,009167
1
A: Oxysterols receptor LXR-beta
B: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3996
ポリマ－58,1152
非ポリマー1,2844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Oxysterols receptor LXR-beta
D: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6973
ポリマ－58,1152
非ポリマー5821
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21490 Å2
手法PISA
3
A: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子

C: Oxysterols receptor LXR-beta
D: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3966
ポリマ－87,1723
非ポリマー1,2243
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x+1/2,-y+3/2,-z+11
Buried area6240 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area31980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.717, 98.929, 175.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Oxysterols receptor LXR-beta / Liver X receptor beta / Nuclear orphan receptor LXR-beta / Ubiquitously-expressed nuclear receptor ...Liver X receptor beta / Nuclear orphan receptor LXR-beta / Ubiquitously-expressed nuclear receptor / Nuclear receptor NER


分子量: 29057.283 Da / 分子数: 4 / 断片: Ligand binding domain, residues 213-461 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H2 OR LXRB OR UNR OR NER / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star (DE3) / 参照: UniProt: P55055
#2: 化合物 ChemComp-965 / [3-(3-{[2-chloro-3-(trifluoromethyl)benzyl](2,2-diphenylethyl)amino}propoxy)phenyl]acetic acid


分子量: 582.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H31ClF3NO3
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.98 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: isopropanol, PEG 4000, HEPES, glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
18.5 %isopropanol1reservoir
217 %PEG40001reservoir
385 mMHEPES1reservoirpH7.5
415 %glycerol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月21日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→58 Å / Num. all: 40332 / Num. obs: 40332 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 46.99 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 5585 / Rsym value: 0.218 / % possible all: 95.4
反射
*PLUS
Num. obs: 37733 / Num. measured all: 129438 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.4 % / Rmerge(I) obs: 0.218

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Thyroid hormone receptor beta

解像度: 2.4→87.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 8.796 / SU ML: 0.208 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.511 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26237 2021 5 %RANDOM
Rwork0.20655 ---
all0.20934 40931 --
obs0.20934 38254 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.076 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å20 Å20 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→87.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7375 0 131 167 7673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227652
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3631.97910342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.924316577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4775898
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021612
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21763
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2160.28183
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.24673
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2370.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5341.54554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03927368
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74933098
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9974.52974
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.296 140
Rwork0.218 2689
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Rfactor Rfree: 0.263 / Rfactor Rwork: 0.207
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.36
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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