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万見
- PDB-1per: THE COMPLEX BETWEEN PHAGE 434 REPRESSION DNA-BINDING DOMAIN AND O... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1per
タイトルTHE COMPLEX BETWEEN PHAGE 434 REPRESSION DNA-BINDING DOMAIN AND OPERATOR SITE OR3: STRUCTURAL DIFFERENCES BETWEEN CONSENSUS AND NON-CONSENSUS HALF-SITES
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*G P*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*T P*AP*CP*T)-3')
  • PROTEIN (434 REPRESSOR)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ヘリックスターンヘリックス / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Repressor protein CI
類似検索 - 構成要素
生物種Phage 434 (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rodgers, D.W. / Harrison, S.C.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1993
タイトル: The complex between phage 434 repressor DNA-binding domain and operator site OR3: structural differences between consensus and non-consensus half-sites.
著者: Rodgers, D.W. / Harrison, S.C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: The Phage 434 OR2/R1-69 Complex at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Shimon, L.W. / Harrison, S.C.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1988
タイトル: Recognition of a DNA Operator by the Repressor of Phage 434. A View at High Resolution
著者: Aggarwal, A.K. / Rodgers, D.W. / Drottar, M. / Ptashne, M. / Harrison, S.C.
履歴
登録1993年11月9日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*G P*TP*AP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*T P*AP*CP*T)-3')
L: PROTEIN (434 REPRESSOR)
R: PROTEIN (434 REPRESSOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3844
ポリマ－27,3844
非ポリマー00
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.900, 64.500, 27.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*G P*TP*AP*T)-3')


分子量: 6128.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*T P*AP*CP*T)-3')


分子量: 6134.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (434 REPRESSOR)


分子量: 7560.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phage 434 (ファージ) / 属: Lambda-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage lambda / 参照: UniProt: P16117
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.55 mMDNA1drop
215-17 %(w/v)PEG30001reservoir
380 mM1reservoirNaCl
4100 mM1reservoirMgCl2
52 mMspermine1reservoir
6100 mMMES1reservoirpH5.5

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 8311 / % possible obs: 83.8 % / Num. measured all: 20076 / Rmerge(I) obs: 0.083

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解析

ソフトウェア
名称分類
CORELS精密化
TNT精密化
精密化Rfactor obs: 0.187 / 最高解像度: 2.5 Å / σ(I): 1.5
詳細: THE FOLLOWING CLOSE CRYSTAL PACKING CONTACTS BETWEEN DNA CHAINS RELATED BY A TRANSLATION ALONG THE B AXIS ARE OBSERVED: C2 A 1 A - N3 T 1 B DIST= 1.68 N1 A 1 A - O4 T 1 B DIST= 1.72 N1 A 1 A - ...詳細: THE FOLLOWING CLOSE CRYSTAL PACKING CONTACTS BETWEEN DNA CHAINS RELATED BY A TRANSLATION ALONG THE B AXIS ARE OBSERVED: C2 A 1 A - N3 T 1 B DIST= 1.68 N1 A 1 A - O4 T 1 B DIST= 1.72 N1 A 1 A - N3 T 1 B DIST= 1.77 N1 A 1 A - C4 T 1 B DIST= 1.99
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数968 814 0 40 1822
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. reflection obs: 7578 / σ(I): 1.5 / Rfactor obs: 0.187 / Rfactor Rwork: 0.187
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.73
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg18.215
X-RAY DIFFRACTIONo_plane_restr0.010.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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