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- PDB-1pcj: Enzyme-ligand complex of P. aeruginosa PMM/PGM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pcj
タイトルEnzyme-ligand complex of P. aeruginosa PMM/PGM
要素Phosphomannomutaseホスホマンノムターゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / alpha/beta protein / phosphohexomutase / phosphoserine (ホスホセリン) / enzyme-ligand complex / enzyme-metal complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ホスホマンノムターゼ / phosphomannomutase activity / phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) / phosphoglucomutase activity / alginic acid biosynthetic process / O antigen biosynthetic process / GDP-mannose biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, C-terminal domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3 / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain / Alpha-D-phosphohexomutase superfamily / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain II / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain III ...Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, C-terminal domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3 / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain / Alpha-D-phosphohexomutase superfamily / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain II / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain III / Alpha-D-phosphohexomutase, conserved site / Phosphoglucomutase and phosphomannomutase phosphoserine signature. / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain I / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha I/II/III / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain superfamily / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain I / TATA結合タンパク質 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose / Phosphomannomutase/phosphoglucomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / rigid body refinement followed by regular refinement / 解像度: 2 Å
データ登録者Regni, C. / Tipton, P.A. / Beamer, L.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Structural basis of diverse substrate recognition by the enzyme PMM/PGM from P. aeruginosa.
著者: Regni, C. / Naught, L. / Tipton, P.A. / Beamer, L.J.
履歴
登録2003年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Phosphomannomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7563
ポリマ－50,4301
非ポリマー3262
水5,585310
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.896, 74.307, 85.476
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphomannomutase / ホスホマンノムターゼ / PMM


分子量: 50430.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: ALGC OR PA5322 / プラスミド: PET3-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B121(DE3) / 参照: UniProt: P26276, ホスホマンノムターゼ
#2: 糖 ChemComp-M1P / 1-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose / ALPHA-D-MANNOSE 1-PHOSPHATE / 1-O-phosphono-alpha-D-mannose / 1-O-phosphono-D-mannose / 1-O-phosphono-mannose / α-D-マンノピラノ-ス1-りん酸 / Mannose 1-phosphate


タイプ: D-saccharide / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
a-D-Manp1PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Na K tartrate, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Regni, C.A., (2000) Acta Crystallogr, D56, 761.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112-15 mg/mlprotein1drop
210 mMMOPS1droppH7.0
31.4 Msodium potassium tartrate1reservoir
4100 mMsodium HEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年7月28日 / 詳細: Osmic MaxFlux
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. all: 31264 / Num. obs: 30357 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 96.4
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: rigid body refinement followed by regular refinement
開始モデル: 1P5G

1p5g


解像度: 2→55.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.504 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20349 1526 5 %RANDOM
Rwork0.16336 ---
all0.1692 30325 --
obs0.16531 28796 97.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.462 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.05 Å20 Å20 Å2
2---1 Å20 Å2
3---2.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→55.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3453 0 17 310 3780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223546
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2331.9694827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81937629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9485459
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02696
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2718
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2360.23964
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.22150
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2660.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5251.52277
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99223660
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5631269
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6774.51167
LS精密化 シェル解像度: 2→2.108 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 213 -
Rwork0.232 4135 -
obs-4135 14 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -49.8315 Å / Origin y: -18.0575 Å / Origin z: 10.7701 Å
111213212223313233
T0.0051 Å2-0.0062 Å2-0.0044 Å2-0.0223 Å20.0078 Å2--0.0389 Å2
L0.2353 °2-0.0337 °20.1764 °2-0.3251 °2-0.1304 °2--0.2926 °2
S0.0157 Å °-0.0262 Å °-0.0056 Å °0.0189 Å °0.0214 Å °0.0534 Å °0.0043 Å °-0.0274 Å °-0.0371 Å °
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 55.9 Å / Rfactor Rfree: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.16
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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