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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p91 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of RlmA(I) enzyme: 23S rRNA n1-G745 methyltransferase (NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM TARGET ER19) | ||||||
要素 | Ribosomal RNA large subunit methyltransferase AリボソームRNA | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / RlmA / RrmA / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / G745 / ER19 / 23S rRNA (23SリボソームRNA) / NESG / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 23S rRNA (guanine745-N1)-methyltransferase / 23S rRNA (guanine(745)-N(1))-methyltransferase activity / rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / methyltransferase activity / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Das, K. / Acton, T. / Montelione, G. / Arnold, E. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of RlmAI: implications for understanding the 23S rRNA G745/G748-methylation at the macrolide antibiotic-binding site. 著者: Das, K. / Acton, T. / Chiang, Y. / Shih, L. / Arnold, E. / Montelione, G.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p91.cif.gz | 116.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p91.ent.gz | 96.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p91.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/1p91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/1p91 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer. One monomers is related to the other by ~159 degree rotation about the NCS axis. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30788.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: RRMA OR B1822 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36999, EC: 2.1.1.51 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: Ammonium sulfate, Lithium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 21876 / Num. obs: 21876 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / Biso Wilson estimate: 41.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 11 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / % possible all: 80.2 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 93 % / Num. measured all: 88268 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2974439.24 / Data cutoff high rms absF: 2974439.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.251692 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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