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- PDB-1p8m: Structural and Functional Importance of First-Shell Metal Ligands... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p8m
タイトルStructural and Functional Importance of First-Shell Metal Ligands in the Binuclear Manganese Cluster of Arginase I.
要素Arginase 1アルギナーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / UREA CYCLE (尿素回路) / BINUCLEAR MANGANESE CLUSTER
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of L-arginine import across plasma membrane / 尿素回路 / collagen biosynthetic process / mammary gland involution / positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginine metabolic process / arginine catabolic process to ornithine / response to selenium ion / アルギナーゼ ...regulation of L-arginine import across plasma membrane / 尿素回路 / collagen biosynthetic process / mammary gland involution / positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginine metabolic process / arginine catabolic process to ornithine / response to selenium ion / アルギナーゼ / arginase activity / 尿素回路 / response to methylmercury / response to vitamin A / response to herbicide / response to steroid hormone / response to manganese ion / Neutrophil degranulation / response to zinc ion / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / cellular response to glucagon stimulus / defense response to protozoan / response to amine / negative regulation of activated T cell proliferation / maternal process involved in female pregnancy / response to axon injury / response to vitamin E / response to amino acid / response to cadmium ion / negative regulation of T cell proliferation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cellular response to interleukin-4 / positive regulation of endothelial cell proliferation / cellular response to dexamethasone stimulus / liver development / female pregnancy / lung development / response to peptide hormone / cellular response to hydrogen peroxide / manganese ion binding / cellular response to lipopolysaccharide / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / 獲得免疫系 / response to xenobiotic stimulus / 自然免疫系 / neuronal cell body / extracellular space / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ureohydrolase domain / アルギナーゼ / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Cama, E. / Emig, F.A. / Ash, E.-D. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Structural and functional importance of first-shell metal ligands in the binuclear manganese cluster of arginase I.
著者: Cama, E. / Emig, F.A. / Ash, D.E. / Christianson, D.W.
履歴
登録2003年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月8日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginase 1
B: Arginase 1
C: Arginase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4769
ポリマ－102,1473
非ポリマー3306
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area34090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.492, 88.492, 113.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Arginase 1 / アルギナーゼ / Liver-type arginase


分子量: 34048.891 Da / 分子数: 3 / 断片: Arginase I / 変異: D128E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: ARG1 / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: P07824, アルギナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, Bicine, Manganese Chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMBicine-NaOH1reservoirpH8.2-8.5
220-30 %PEG80001reservoir
32-5 mM1reservoirMnCl2
410-16 mg/mlarginase I variant1drop
550 mMBicine-NaOH1droppH8.5
6100000 nM1dropMnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rh-coated Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→30 Å / Num. all: 24715 / Num. obs: 23974 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 44.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.227 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 2409 / % possible all: 98.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RLA

1rla


解像度: 2.84→28.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME OTHER REFINEMENT REMARKS: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 1080 4.9 %RANDOM
Rwork0.286 ---
obs0.286 22156 94.2 %-
all-23516 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 16.5063 Å2 / ksol: 0.278067 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 74.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--30.01 Å2-5.64 Å20 Å2
2---30.01 Å20 Å2
3---60.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.54 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.75 Å0.88 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→28.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7191 0 6 42 7239
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.772.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.84→3.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 165 4.8 %
Rwork0.434 3276 -
obs--88.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.2981
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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