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万見
- PDB-1ofm: CRYSTAL STRUCTURE OF CHONDROITINASE B COMPLEXED TO CHONDROITIN 4-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ofm
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CHONDROITINASE B COMPLEXED TO CHONDROITIN 4-SULFATE TETRASACCHARIDE
要素CHONDROITINASE B
キーワードLYASE / ACTIVE SITE / BETA-ELIMINATION / CHONDROITIN 4-SULFATE
機能・相同性
機能・相同性情報


chondroitin B lyase / chondroitin B lyase activity
類似検索 - 分子機能
PL-6 family / Chondroitinase B / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種PEDOBACTER HEPARINUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Michel, G. / Cygler, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The Structure of Chondroitin B Lyase Complexed with Glycosaminoglycan Oligosaccharides Unravels a Calcium-Dependent Catalytic Machinery
著者: Michel, G. / Pojasek, K. / Li, Y. / Sulea, T. / Linhardt, R. / Raman, R. / Prabhakar, V. / Sasisekharan, R. / Cygler, M.
履歴
登録2003年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 2.02017年6月14日Group: Advisory / Atomic model / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_sheet_hbond ...atom_site / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.id / _struct_sheet.number_strands
改定 3.02020年3月11日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 4.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 4.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHONDROITINASE B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7273
ポリマ－53,6891
非ポリマー2,0382
水14,520806
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.537, 74.069, 58.989
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CHONDROITINASE B


分子量: 53688.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HYDROXY-PROLINE AT N-TERMINUS GLYCOSYLATION AT SER234
由来: (組換発現) PEDOBACTER HEPARINUS (バクテリア)
発現宿主: PEDOBACTER HEPARINUS (バクテリア) / 参照: UniProt: Q46079, EC: 4.2.2.4
#2: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-3)-[beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-O-methyl-alpha-L-fucopyranose-(1-4)- ...alpha-D-galactopyranose-(1-3)-[beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-O-methyl-alpha-L-fucopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1118.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-3[DGlcpb1-4]LFucp[2Me]a1-4DXylpb1-4DGlcpAa1-2[LRhapa1-4]DManpa1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/7,7,6/[a1122h-1a_1-5][a2122A-1a_1-5][a212h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5_2*OC][a2112h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5][a2211m-1a_1-5]/1-2-3-4-5-6-7/a2-b1_a4-g1_b4-c1_c4-d1_d3-e1_d4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][a-L-Fucp2Me]{[(3+1)][a-D-Galp]{}[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}[(4+1)][a-L-Rhap]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D- ...4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 918.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O_4*OSO/3=O/3=O][a2122A-1b_1-5][a21eEA-1a_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GalpNAc4SO3]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GalpNAc4SO3]{[(3+1)][a-L-4-deoxy-IdopA]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 806 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.9 %
結晶化pH: 8.7
詳細: PEG8000, 2-METHYL-2,4- PENTADIOL, AMMONIUM ACETATE, TRIS, pH 8.70

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→33.18 Å / Num. obs: 40172 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.75 % / Biso Wilson estimate: 6.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.085 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DBG

1dbg


解像度: 1.8→33.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1399907.18 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 2010 5 %RANDOM
Rwork0.142 ---
obs0.142 40151 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.4551 Å2 / ksol: 0.309859 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 12.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å20 Å2-1.01 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3---0.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.04 Å-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3784 0 135 806 4725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.18 302 4.6 %
Rwork0.138 6279 -
obs--98.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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