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万見
- PDB-1ob5: T. aquaticus elongation factor EF-Tu complexed with the antibioti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ob5
タイトルT. aquaticus elongation factor EF-Tu complexed with the antibiotic enacyloxin IIa, a GTP analog, and Phe-tRNA
要素
  • ELONGATION FACTOR TUEF-Tu
  • TRANSFER-RNA, PHE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GTPASE (GTPアーゼ) / TRANSLATION ELONGATION FACTOR / TRANSFER RNA (転移RNA) / GTP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / PROTEIN BIOSYNTHESIS (タンパク質生合成)
機能・相同性
機能・相同性情報


translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 ...Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Βバレル / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ENACYLOXIN IIA / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / リボ核酸 / RNA (> 10) / EF-Tu
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS AQUATICUS (サーマス・アクアティカス)
SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Dahlberg, C. / Nielsen, R.C. / Parmeggiani, A. / Nyborg, J. / Nissen, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Enacyloxin Iia Pinpoints a Binding Pocket of Elongation Factor TU for Development of Novel Antibiotics.
著者: Parmeggiani, A. / Krab, I.M. / Watanabe, T. / Nielsen, R.C. / Dahlberg, C. / Nyborg, J. / Nissen, P.
履歴
登録2003年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ELONGATION FACTOR TU
B: TRANSFER-RNA, PHE
C: ELONGATION FACTOR TU
D: TRANSFER-RNA, PHE
E: ELONGATION FACTOR TU
F: TRANSFER-RNA, PHE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,95615
ポリマ－210,2086
非ポリマー3,7479
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)212.570, 122.330, 135.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ELONGATION FACTOR TU / EF-Tu / EF-TU


分子量: 44742.980 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS AQUATICUS (サーマス・アクアティカス)
解説: TUF-A GENE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01698, EC: 3.6.1.48
#2: RNA鎖 TRANSFER-RNA, PHE


分子量: 25326.479 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SIGMA-ALDRICH COMPOUND / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ENX / ENACYLOXIN IIA


分子量: 702.616 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H45Cl2NO11
構成要素の詳細PROMOTES THE GTP-DEPENDENT BINDING OF AMINOACYL-TRNA TO THE A-SITE OF RIBOSOMES DURING PROTEIN BIOSYNTHESIS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化pH: 6.8
詳細: 1.8M AMMONIUM SULPHATE, 10 MM MAGNESIUM CHLORIDE,20 MM TRIS-MES, PH 6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.802
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.802 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.33→30 Å / Num. obs: 48311 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 68.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 3.3→3.38 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.518 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LD1

1ld1
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.1→29.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 8253666.21 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 1581 2.9 %RANDOM
Rwork0.2796 ---
obs0.2796 53684 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.7579 Å2 / ksol: 0.290638 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 76.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.972 Å20 Å213.061 Å2
2---27.052 Å20 Å2
3---35.024 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.54 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.64 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9318 4989 240 0 14547
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.46
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.7871.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it9.4742
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.1212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.7422.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2TRNAPHE-MULTI2.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3LIGANDS.PAR
X-RAY DIFFRACTION4MG.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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