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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o9t | ||||||
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タイトル | Methionine adenosyltransferase complexed with both substrates ATP and methionine | ||||||
要素 | S-ADENOSYLMETHIONINE SYNTHETASES-Adenosylmethionine synthetase enzyme | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ADENOSYLTRANSFERASE / ATP BINDING (アデノシン三リン酸) / METHIONINE BINDING (メチオニン) / ONE-CARBON METABOLISM / MAGNESIUM (マグネシウム) / POTASSIUM (カリウム) / METAL-BINDING / MULTIGENE FAMILY (遺伝子ファミリー) / ATP-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / Sulfur amino acid metabolism / methionine catabolic process / methionine adenosyltransferase complex / メチル化 / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / amino acid binding / ADP binding ...Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / Sulfur amino acid metabolism / methionine catabolic process / methionine adenosyltransferase complex / メチル化 / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / amino acid binding / ADP binding / nuclear matrix / one-carbon metabolic process / protein homotetramerization / protein-containing complex assembly / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Gonzalez, B. / Pajares, M.A. / Hermoso, J.A. / Sanz-Aparicio, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structures of Methionine Adenosyltransferase Complexed with Substrates and Products Reveal the Methionine-ATP Recognition and Give Insights Into the Catalytic Mechanism 著者: Gonzalez, B. / Pajares, M.A. / Hermoso, J.A. / Guillerm, D. / Guillerm, G. / Sanz-Aparicio, J. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: The Crystal Structure of Tetrameric Methionine Adenosyltransferase Fom Rat Liver Reveals the Methionine Binding Site 著者: Gonzalez, B. / Pajares, M.A. / Hermoso, J.A. / Alvarez, L. / Garrido, F. / Sufrin, J.R. / Sanz-Aparicio, J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1o9t.cif.gz | 159.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1o9t.ent.gz | 124 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1o9t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/1o9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/1o9t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.7849, -0.2307, 0.575), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 43637.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 器官: LIVER肝臓 / プラスミド: PSSRL-T7N / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13444, methionine adenosyltransferase |
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-非ポリマー , 6種, 185分子
#2: 化合物 | ChemComp-MET / | ||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ATP / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
構成要素の詳細 | CATALYSES THE REACTION BETWEEN ATP AND L-METHIONINE配列の詳細 | THE SWISS-PROT ACCESSION FOR THIS ENTRY P13444 HAS A RESIDUE ASN AT POSITION 345. THE DEPOSITORS ...THE SWISS-PROT ACCESSION FOR THIS ENTRY P13444 HAS A RESIDUE ASN AT POSITION 345. THE DEPOSITORS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 16% PEG 10000, 10MM L-METHIONINE, 100MM HEPES PH=7.5 (SOAKING IN 30 MM ATP SOLUTION), pH 7.50 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月15日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.76→44.7 Å / Num. obs: 27747 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.76→2.92 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.443 / % possible all: 97.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 27790 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.82 Å / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1QM4 解像度: 2.9→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor Rfree: 0.29 / Rfactor Rwork: 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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