PDB-1o8y: Solution structure of SFTI-1(6,5), an acyclic permutant of the pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1o8y

タイトル

Solution structure of SFTI-1(6,5), an acyclic permutant of the proteinase inhibitor SFTI-1, trans-trans-trans conformer (tt-A)

要素

CYCLIC TRYPSIN INHIBITOR

キーワード

PROTEASE INHIBITOR (プロテアーゼ阻害剤) / BOWMAN-BIRK INHIBITOR / SFTI-1 / ACYCLIC PERMUTANT

機能・相同性

negative regulation of endopeptidase activity /

endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity /

protease binding /

Trypsin inhibitor 1

機能・相同性情報

生物種

HELIANTHUS ANNUUS L. (ヒグルマ)

手法

溶液NMR /

simulated annealing

データ登録者

Marx, U.C. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Enzymatic Cyclization of a Potent Bowman-Birk Protease Inhibitor, Sunflower Trypsin Inhibitor-1, and Solution Structure of an Acyclic Precursor Peptide
著者: Marx, U.C. / Korsinczky, M. / Schirra, H. / Jones, A. / Condie, B. / Otvos, L. / Craik, D.J.

履歴

登録	2002年12月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1o8y.cif.gz	76.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1o8y.ent.gz	53.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1o8y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/1o8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/1o8y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1o8zC 1jbl 1jbn 1sfi C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1o8z-d 2ndm-d 6oqp-d 6q08-d 1kwd-d 6evh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CYCLIC TRYPSIN INHIBITOR

1.54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	LEAST OVERALL ENERGIES
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	CYCLIC TRYPSIN INHIBITOR / SFTI-1 分子量: 1535.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: ACYCLIC PERMUTANT OF SFTI-1, OPEN BETWEEN RESIDUES K5 AND S6 由来: (合成) HELIANTHUS ANNUUS L. (ヒグルマ) / 参照: UniProt: Q4GWU5*PLUS
配列の詳細	THE NUMBERING SCHEME FOLLOWED IN THIS ENTRY CONFORMS TO THE ORDER DESCRIBED IN PDB ENTRY 1JBL.

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	COSY
1	3	1	TOCSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容
1	90% H2O/10% D2O
2	100% D2O

試料状態

イオン強度: 0.04 / pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 286 K

結晶化

*PLUS

手法: その他 / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR3.851	BRUNGER	精密化
NDEE		構造決定
XPLOR		構造決定

精密化

手法:

simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST OVERALL ENERGIES
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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