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- PDB-1o83: Crystal Structure of Bacteriocin AS-48 at pH 7.5, phosphate bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o83
タイトルCrystal Structure of Bacteriocin AS-48 at pH 7.5, phosphate bound. Crystal form I
要素PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48
キーワードPEPTIDE ANTIBIOTIC (抗微生物ペプチド) / BACTERIOCIN (バクテリオシン) / ANTIBACTERIAL PEPTIDE (抗微生物ペプチド) / MEMBRANE PERMEABILIZATION / PROTEIN CRYSTALLOGRAPHY (X線回折) / CYCLIC POLYPEPTIDE (環状ペプチド) / PROTEIN MEMBRANE INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Bacteriocin AS-48 / Bacteriocin AS-48 / Circular bacteriocin / Bacteriocin class IId cyclical uberolysin-like / Bacteriocin As-48; Chain A / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / AS-48 protein
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Sanchez-Barrena, M.J. / Martinez-Ripoll, M. / Galvez, A. / Valdivia, E. / Maqueda, M. / Cruz, V. / Albert, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure of Bacteriocin as-48: From Soluble State to Membrane Bound State
著者: Sanchez-Barrena, M.J. / Martinez-Ripoll, M. / Galvez, A. / Valdivia, E. / Maqueda, M. / Cruz, V. / Albert, A.
履歴
登録2002年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: diffrn_source / exptl_crystal_grow / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48
B: PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48
C: PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48
D: PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9927
ポリマ－28,7104
非ポリマー2823
水6,900383
1
A: PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1781
ポリマ－7,1781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3653
ポリマ－7,1781
非ポリマー1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1781
ポリマ－7,1781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2732
ポリマ－7,1781
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)79.670, 83.880, 99.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2026-

HOH

21A-2056-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.6347, -0.4502, -0.6281), (-0.6012, -0.2229, 0.7674), (-0.4854, 0.8647, -0.1292)67.2556, 22.6595, 15.5881
2given(0.0364, 0.9985, -0.0411), (0.9991, -0.0355, 0.0226), (0.0211, -0.0419, -0.9989)-3.9841, 0.927, 0.5753
3given(-0.5225, -0.2441, 0.817), (0.5656, 0.6177, 0.5463), (-0.638, 0.7475, -0.1847)25.7128, 18.6244, 28.8505

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要素

#1: タンパク質
PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48 / BACTERIOCIN AS-48


分子量: 7177.538 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PEPTIDE LINK BETWEEN RESIDUES 1 AND 70 / 由来: (天然) ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌) / 参照: UniProt: Q47765
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: CRYSTAL WAS GROWN USING VAPOUR DIFFUSION TECHNIQUES FROM DROPS CONTAINING AS-48 (20 MG/ML) AND RESERVOIR SOLUTION (0.1 M HEPES-NA PH 7.5, 0.8 M MONO-SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE) IN A 1:1 RATIO
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.5
30.2 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 Msodium acetate trihydrate1reservoirpH4.5
515 %(w/v)PEG40001reservoir
60.1 Msodium-Hepes1reservoirpH7.5
70.8 Mmono-sodium dihydrogen phosphate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→19.43 Å / Num. obs: 37078 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 19.43
反射 シェル解像度: 1.64→1.73 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.518 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 90
反射
*PLUS
最高解像度: 1.64 Å / 最低解像度: 19.43 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.518 / Mean I/σ(I) obs: 1.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.64→15 Å / SU B: 1.95 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.098
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1806 4.9 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 35069 89.51 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2016 0 16 383 2415
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Rfactor Rfree: 0.2148 / Rfactor Rwork: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.314
X-RAY DIFFRACTIONplanar_d0.005
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.64 Å / 最低解像度: 1.73 Å / Rfactor Rfree: 0.4 / Rfactor Rwork: 0.38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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