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- PDB-1nth: Crystal structure of the methanosarcina barkeri monomethylamine m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nth
タイトルCrystal structure of the methanosarcina barkeri monomethylamine methyltransferase (MTMB)
要素Monomethylamine methyltransferase mtmB1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / TIM BARREL (TIMバレル)
機能・相同性
機能・相同性情報


methylamine-corrinoid protein Co-methyltransferase / monomethylamine methyltransferase activity / メタン生成経路 / メチル化
類似検索 - 分子機能
Monomethylamine methyltransferase MtmB / Monomethylamine methyltransferase MtmB / Monomethylamine methyltransferase MtmB superfamily / Monomethylamine methyltransferase MtmB / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Monomethylamine methyltransferase MtmB1
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina barkeri (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Hao, B. / Gong, W. / Ferguson, T.K. / James, C.M. / Krzycki, J.A. / Chan, M.K.
引用ジャーナル: Science / 年: 2002
タイトル: A new UAG-encoded residue in the structure of a methanogen methyltransferase
著者: Hao, B. / GONG, W. / FERGUSON, T.K. / JAMES, C.M. / KRZYCKI, J.A. / Chan, M.K.
履歴
登録2003年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2003年2月4日ID: 1L2R
改定 1.02003年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年8月13日Group: Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 600HETEROGEN THE AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE METHYL GROUP IN THE RESIDUE PYL202A COULD BE A METHYL ...HETEROGEN THE AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE METHYL GROUP IN THE RESIDUE PYL202A COULD BE A METHYL (CH3), AMINE (NH2), OR HYDOXYL (OH) GROUP.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monomethylamine methyltransferase mtmB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2911
ポリマ－50,2911
非ポリマー00
水8,341463
1
A: Monomethylamine methyltransferase mtmB1
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,7476
ポリマ－301,7476
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+3/21
crystal symmetry operation11_556-x+y,y,-z+3/21
crystal symmetry operation12_566x,x-y+1,-z+3/21
Buried area25470 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area74300 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)158.464, 158.464, 135.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-880-

HOH

詳細The biological assembly is a hexamer

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要素

#1: タンパク質 Monomethylamine methyltransferase mtmB1 / MMA methyltransferase 1 / MMAMT 1


分子量: 50291.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina barkeri (古細菌) / 株: MS
参照: UniProt: O30642, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4.3M NACL, 0.1M HEPES, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→20 Å / Num. all: 140499 / Num. obs: 140499 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 13348 / Rsym value: 0.51 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.55→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 13401 -RANDOM
Rwork0.176 ---
all-140499 --
obs-140499 97.3 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.732 Å2-0.732 Å2-0.863 Å2
2--0 Å20 Å2
3---1.465 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3499 0 0 463 3962
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.9161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.3112
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7022.5
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.007
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 1934 -
Rwork0.29 --
obs-17472 81.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3cis.param
X-RAY DIFFRACTION4x8b.param
X-RAY DIFFRACTION5bg6b.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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