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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nno | ||||||
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タイトル | CONFORMATIONAL CHANGES OCCURRING UPON NO BINDING IN NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA | ||||||
要素 | NITRITE REDUCTASE銅含有亜硝酸還元酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NITRITE REDUCTASE (銅含有亜硝酸還元酵素) / PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / HEMOPROTEIN / DENITRIFICATION (脱窒) / NO BINDING / CONFORMATIONAL CHANGES | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ヒドロキシルアミンレダクターゼ / hydroxylamine reductase activity / 亜硝酸レダクターゼ (NO形成) / nitrite reductase (NO-forming) activity / electron transfer activity / ペリプラズム / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Nurizzo, D. / Tegoni, M. / Cambillau, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Conformational changes occurring upon reduction and NO binding in nitrite reductase from Pseudomonas aeruginosa. 著者: Nurizzo, D. / Cutruzzola, F. / Arese, M. / Bourgeois, D. / Brunori, M. / Cambillau, C. / Tegoni, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nno.cif.gz | 212.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nno.ent.gz | 171.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nno.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/1nno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/1nno | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.999943, -0.001407, -0.010572), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60259.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: EACH SUBUNIT (A,B) LINKS ONE NITRIC OXIDE (NO) AT THE CATALYTIC SITE 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 細胞内の位置: PERIPLASMIC SPACEペリプラズム / 参照: UniProt: P24474, EC: 1.9.3.2 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.6 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.2 / 詳細: pH 7.2 | |||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8.4 / 手法: unknown | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.907 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.907 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→15 Å / Num. obs: 44045 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 93.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 361716 / Rmerge(I) obs: 0.11 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.3 % / Rmerge(I) obs: 0.569 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 / 解像度: 2.65→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.0052 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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原子変位パラメータ |
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2438 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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