+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nni | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Azobenzene Reductase from Bacillus subtilis | ||||||
要素 | hypothetical protein yhda仮説 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / azobenzene reductase (アゾベンゼンレダクターゼ) / azoreductase (アゾベンゼンレダクターゼ) / structural genomics (構造ゲノミクス) / flavoproteins (フラボタンパク質) / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / FMN binding / oxidoreductase activity / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Cuff, M.E. / Kim, Y. / Maj, L. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published / 年: 2003 タイトル: Azobenzene Reductase from Bacillus subtilis 著者: Cuff, M.E. / Kim, Y. / Maj, L. / Collart, F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nni.cif.gz | 46.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1nni.ent.gz | 36.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nni.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/1nni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/1nni | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||
詳細 | likely a dimer related by the crystallographic two fold axis: 1-y, 1-x, 3/2-z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19207.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: apc1167 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yhda / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O07529, EC: 1.7.1.6 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.9 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: trisodium citrate, sodium HEPES, sucrose, pH 7.5-8.5, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97940, 0.97926, 0.95372 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月31日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: sagitally focused Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 22141 / Num. obs: 19743 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 38.1 Å2 / Limit h max: 40 / Limit h min: 0 / Limit k max: 23 / Limit k min: 0 / Limit l max: 36 / Limit l min: -36 / Observed criterion F max: 2577691.04 / Observed criterion F min: 3.489 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→48.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 50.1134 Å2 / ksol: 0.330555 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.88 Å2 / Biso mean: 52.95 Å2 / Biso min: 29.36 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.81 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|