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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nmc | |||||||||
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タイトル | COMPLEX BETWEEN NC10 ANTI-INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE SINGLE CHAIN ANTIBODY WITH A 15 RESIDUE LINKER AND INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE | |||||||||
要素 |
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キーワード | COMPLEX (SINGLE-CHAIN ANTIBODY/ANTIGEN) / COMPLEX (SINGLE-CHAIN ANTIBODY-ANTIGEN) / HYDROLASE / COMPLEX (SINGLE-CHAIN ANTIBODY-ANTIGEN) complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Malby, R.L. / Mccoy, A.J. / Kortt, A.A. / Hudson, P.J. / Colman, P.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Three-dimensional structures of single-chain Fv-neuraminidase complexes. 著者: Malby, R.L. / McCoy, A.J. / Kortt, A.A. / Hudson, P.J. / Colman, P.M. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1993 タイトル: Recombinant Antineuraminidase Single Chain Antibody: Expression, Characterization, and Crystallization in Complex with Antigen 著者: Malby, R.L. / Caldwell, J.B. / Gruen, L.C. / Harley, V.R. / Ivancic, N. / Kortt, A.A. / Lilley, G.G. / Power, B.E. / Webster, R.G. / Colman, P.M. / Hudson, P.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nmc.cif.gz | 256.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nmc.ent.gz | 210.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nmc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nmc_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1nmc_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1nmc_validation.xml.gz | 48.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nmc_validation.cif.gz | 66.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/1nmc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/1nmc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.998491, 0.05492, -0.000553), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 NA
#1: タンパク質 | 分子量: 43723.770 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 82 - 468 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 株: N9 / Variant: A/TERN/AUSTRALIA/G70C/75 / Cell (発現宿主): EGG / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P03472, exo-alpha-sialidase |
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-抗体 , 2種, 4分子 HBLC
#2: 抗体 | 分子量: 13399.659 Da / 分子数: 2 断片: VH AND VL DOMAINS OF ANTI-NEURAMINIDASE ANTIBODY NC10 COVALENTLY JOINED BY A FIFTEEN RESIDUE POLYPEPTIDE LINKER 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 501094 #3: 抗体 | 分子量: 12162.203 Da / 分子数: 2 断片: VH AND VL DOMAINS OF ANTI-NEURAMINIDASE ANTIBODY NC10 COVALENTLY JOINED BY A FIFTEEN RESIDUE POLYPEPTIDE LINKER 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 501094 |
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-糖 , 3種, 8分子
#4: 多糖 | #5: 糖 | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 2種, 182分子
#7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | THE THREE OLIGOSACCHARIDES COVALENTLY ATTACHED TO N9 NEURAMINIDASE ARE NUMBERED BY THE ASN RESIDUE ...THE THREE OLIGOSACCH |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.6 詳細: NC10 SCFV(15) AND N9 NA WERE MIXED TOGETHER (SCFV(15) IN SLIGHT MOLAR EXCESS) WITH AND EQUAL VOLUME OF POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER 1.7M PH6.6. THE DROP WAS EQUILIBRATED BY VAPOUR DIFFUSION ...詳細: NC10 SCFV(15) AND N9 NA WERE MIXED TOGETHER (SCFV(15) IN SLIGHT MOLAR EXCESS) WITH AND EQUAL VOLUME OF POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER 1.7M PH6.6. THE DROP WAS EQUILIBRATED BY VAPOUR DIFFUSION AGAINST PHOSPHATE BUFFER 1.3M PH6.8. PH範囲: 6.6-6.8 | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Malby, R.L., (1993) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 16, 57. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: PHOTON FACTORY / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1995年7月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 67425 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / % possible all: 70 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 156708 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1NCA 解像度: 2.5→7 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→7 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: STRICT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.65 Å / Total num. of bins used: 6 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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