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- PDB-1nli: Complex of [E160A-E189A] trichosanthin and adenine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nli
タイトルComplex of [E160A-E189A] trichosanthin and adenine
要素Ribosome-inactivating protein alpha-trichosanthin
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / ribosome-inactivating protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / RRNA-N-グリコシラーゼ / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / イレギュラー / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニン / Ribosome-inactivating protein alpha-trichosanthin
類似検索 - 構成要素
生物種Trichosanthes kirilowii (チョウセンカラスウリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Shaw, P.C. / Wong, K.B. / Chan, D.S.B. / Williams, R.L.
引用ジャーナル: Toxicon / 年: 2003
タイトル: Structural basis for the interaction of [E160A-E189A]-trichosanthin with adenine.
著者: Shaw, P.C. / Wong, K.B. / Chan, D.S. / Williams, R.L.
履歴
登録2003年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome-inactivating protein alpha-trichosanthin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3172
ポリマ－27,1821
非ポリマー1351
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.928, 75.299, 78.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribosome-inactivating protein alpha-trichosanthin / trichosanthin / rRNA N-glycosidase / Alpha-TCS


分子量: 27181.895 Da / 分子数: 1 / 変異: E160A, E189A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichosanthes kirilowii (チョウセンカラスウリ)
遺伝子: Trichosanthin / プラスミド: pET8C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 [DE3, pLysS] / 参照: UniProt: P09989, RRNA-N-グリコシラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.44 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Tris-HCl, PEG4000, magnesium chloride, adenine hemisulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / pH: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
185 mM1dropNaCl
220 mMpotassium phosphate1droppH6.0
320 mg/mlprotein1drop
40.1 MTris-HCl1reservoirpH6.5
520 %PEG40001reservoir
60.1 M1reservoirMgCl2
72.7 mMadenine hemisulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月3日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→54.391 Å / Num. obs: 16683 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 12.008 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.93→2.03 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 2290 / Rsym value: 0.132 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
最低解像度: 54.4 Å / Num. obs: 17397 / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.04 Å / % possible obs: 95.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータ削減
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1QD2

1qd2


解像度: 1.93→54.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20771 878 5.1 %RANDOM
Rwork0.15758 ---
all0.16011 20467 --
obs0.16011 16473 99.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.951 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3 Å20 Å20 Å2
2--0.73 Å20 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→54.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1913 0 10 204 2127
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0221956
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7751.9582657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92634156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0555247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02395
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2540.22062
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21153
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2580.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3060.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0631.51236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.83821992
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.073720
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8744.5665
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.934→1.984 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.201 53
Rwork0.161 1136
精密化
*PLUS
最低解像度: 54.4 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.208 / Rfactor Rwork: 0.158
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d1.775

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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