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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nks | ||||||
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タイトル | ADENYLATE KINASE FROM SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS | ||||||
要素 | ADENYLATE KINASE | ||||||
キーワード | KINASE (キナーゼ) / THERMOPHILIC (好熱菌) / TRANSFERASE (転移酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.57 Å | ||||||
データ登録者 | Vonrhein, C. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: The structure of a trimeric archaeal adenylate kinase. 著者: Vonrhein, C. / Bonisch, H. / Schafer, G. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nks.cif.gz | 236.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nks.ent.gz | 193.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nks.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/1nks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/1nks | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21137.369 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) プラスミド: PET3A / 細胞株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35028, adenylate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ADP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % 解説: LOW RESOLUTION DATA WERE COLLECTED ON A ROTATING ANODE AND MERGED WITH HIGH-RESOLUTION DATA COLLECTED FROM THE SYNCHROTRON SOURCE DESCRIBED ABOVE. | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2 M SODIUM FORMATE AT PH 7.5 AT A PROTEIN CONCENTRATION OF 5 MG/ML; PROTEIN SOLUTION WAS QUARTZ-DISTILLED AND NO NUCLEOTIDES WERE ADDED. | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 292 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9123 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日 / 詳細: DUAL SLITS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9123 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.57→40 Å / Num. obs: 54962 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.57→2.64 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.266 / % possible all: 56 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 168355 / Rmerge(I) obs: 0.091 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 56 % / Rmerge(I) obs: 0.266 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.57→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION AS IMPLEMENTED IN X-PLOR 3.851 WAS USED.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.57→40 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.164 | |||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |