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- PDB-1ne7: HUMAN GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE ISOMERASE AT 1.75 A RESOL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ne7
タイトルHUMAN GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE ISOMERASE AT 1.75 A RESOLUTION COMPLEXED WITH N-ACETYL-GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE AND 2-DEOXY-2-AMINO-GLUCITOL-6-PHOSPHATE
要素Glucosamine-6-phosphate isomerase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / V-TYPE LIKE ALLOSTERIC ENZYME / CONFORMATIONAL DISORDER / CONFORMATIONAL DIFFERENCES
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosamine catabolic process / glucosamine-6-phosphate deaminase / glucosamine-6-phosphate deaminase activity / N-acetylglucosamine catabolic process / N-acetylneuraminate catabolic process / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / 解糖系 / single fertilization / generation of precursor metabolites and energy / carbohydrate metabolic process ...glucosamine catabolic process / glucosamine-6-phosphate deaminase / glucosamine-6-phosphate deaminase activity / N-acetylglucosamine catabolic process / N-acetylneuraminate catabolic process / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / 解糖系 / single fertilization / generation of precursor metabolites and energy / carbohydrate metabolic process / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Glucosamine-6-phosphate isomerase, conserved site / Glucosamine/galactosamine-6-phosphate isomerases signature. / Glucosamine-6-phosphate isomerase / Glucosamine/galactosamine-6-phosphate isomerase / Glucosamine-6-phosphate isomerases/6-phosphogluconolactonase / Rossmann fold - #1360 / NagB/RpiA transferase-like / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
トレハロース / Chem-16G / 2-DEOXY-2-AMINO GLUCITOL-6-PHOSPHATE / Glucosamine-6-phosphate isomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Arreola, R. / Valderrama, B. / Morante, M.L. / Horjales, E.
引用
ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2003
タイトル: Two mammalian glucosamine-6-phosphate deaminases: a structural and genetic study.
著者: Arreola, R. / Valderrama, B. / Morante, M.L. / Horjales, E.
#1: ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 1998
タイトル: Glucosamine-6-phosphate deaminase from beef kidney is an allosteric system of the V-type.
著者: Lara-Lemus, R. / Calcagno, M.L.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Structure and catalytic mechanism of glucosamine 6-phosphate deaminase from Escherichia coli at 2.1 A resolution.
著者: Oliva, G. / Fontes, M.R. / Garratt, R.C. / Altamirano, M.M. / Calcagno, M.L. / Horjales, E.
履歴
登録2002年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2003年9月23日ID: 1D9T
改定 1.02003年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年10月14日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / pdbx_molecule_features / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 2.22023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 600HETEROGEN THE LIGANDS SO4 AND AGP ARE IN ALTERNATE POSITIONS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucosamine-6-phosphate isomerase
B: Glucosamine-6-phosphate isomerase
C: Glucosamine-6-phosphate isomerase
D: Glucosamine-6-phosphate isomerase
E: Glucosamine-6-phosphate isomerase
F: Glucosamine-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,37531
ポリマ－196,2756
非ポリマー6,10025
水39,5252194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24290 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area59100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.877, 110.892, 180.881
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is the hexamer in the asymmetric unit reported in this entry. Chains: A, B, C, D, E & F.

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Glucosamine-6-phosphate isomerase / Glucosamine-6-phosphate deaminase / GNPDA / GlcN6P deaminase / Oscillin


分子量: 32712.506 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNPI OR HLN OR KIAA0060 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46926, glucosamine-6-phosphate deaminase

-
糖 , 2種, 12分子

#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / トレハロース


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: トレハロース
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-16G / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE / N-acetyl-6-O-phosphono-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 301.188 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H16NO9P
識別子タイププログラム
a-D-GlcpNAc6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 3種, 2207分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-AGP / 2-DEOXY-2-AMINO GLUCITOL-6-PHOSPHATE / 2-アミノ-2-デオキシ-D-グルシト-ル6-りん酸


分子量: 261.167 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16NO8P
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.68 M ammonium sulphate, 10 mM N-acetyl-glucosamine-6-phosphate and 0.1 mM 2-deoxy-2-amino D-glucitol 6-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
21.68 Mammonium sulfate1reservoir
310 mMN-acetyl-glucosamine-6-phosphate1reservoir
40.1 mM2-deoxy-2-amino-D-glucitol-6-phosphate1reservoirpH7.

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.78 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.78 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→19.97 Å / Num. all: 221759 / Num. obs: 209143 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 32182 / Rsym value: 0.224 / % possible all: 95.8
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.8 % / Rmerge(I) obs: 0.224

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DEA

1dea


解像度: 1.75→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 20802 9.9 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.1954 221759 --
obs0.1954 209143 94.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.2697 Å2 / ksol: 0.376291 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.76 Å20 Å20 Å2
2--6.35 Å20 Å2
3----4.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13436 0 383 2194 16013
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.981.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.622.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 436 10 %
Rwork0.1929 31921 -
obs-4218 96.8 %
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.86 Å / Rfactor Rfree: 0.245 / Rfactor Rwork: 0.223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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