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- PDB-1n5z: Complex structure of Pex13p SH3 domain with a peptide of Pex14p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n5z
タイトルComplex structure of Pex13p SH3 domain with a peptide of Pex14p
要素
  • 14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14
  • Peroxisomal membrane protein PAS20
キーワードPROTEIN TRANSPORT / SH3 domain (SH3ドメイン) / PxxP motif
機能・相同性
機能・相同性情報


Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, docking / Peroxisomal protein import / peroxisomal membrane / protein transmembrane transporter activity / protein-macromolecule adaptor activity / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
Peroxin 13, N-terminal / Peroxin 13 / Peroxin 13, N-terminal region / Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal / Peroxisomal membrane protein 14 / Pex14 N-terminal domain / SH3 Domains / SH3ドメイン / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains ...Peroxin 13, N-terminal / Peroxin 13 / Peroxin 13, N-terminal region / Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal / Peroxisomal membrane protein 14 / Pex14 N-terminal domain / SH3 Domains / SH3ドメイン / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal membrane protein PEX14 / Peroxisomal membrane protein PEX13
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Douangamath, A. / Filipp, F.V. / Klein, A.T.J. / Barnett, P. / Zou, P. / Voorn-Brouwer, T. / Vega, M.C. / Mayans, O.M. / Sattler, M. / Distel, B. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: MOL.CELL / 年: 2002
タイトル: Topography for Independent Binding of alpha-Helical and PPII-Helical Ligands to a Peroxisomal SH3 Domain
著者: Douangamath, A. / Filipp, F.V. / Klein, A.T.J. / Barnett, P. / Zou, P. / Voorn-Brouwer, T. / Vega, M.C. / Mayans, O.M. / Sattler, M. / Distel, B. / Wilmanns, M.
履歴
登録2002年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal membrane protein PAS20
P: 14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14
B: Peroxisomal membrane protein PAS20
Q: 14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9564
ポリマ－24,9564
非ポリマー00
水32418
1
A: Peroxisomal membrane protein PAS20
P: 14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4782
ポリマ－12,4782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area5640 Å2
手法PISA
2
B: Peroxisomal membrane protein PAS20
Q: 14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4782
ポリマ－12,4782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area5610 Å2
手法PISA
3
A: Peroxisomal membrane protein PAS20
P: 14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14

B: Peroxisomal membrane protein PAS20
Q: 14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9564
ポリマ－24,9564
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455x-1/2,-y+1/2,-z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9710 Å2
手法PISA
4
A: Peroxisomal membrane protein PAS20
P: 14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14

B: Peroxisomal membrane protein PAS20
Q: 14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9564
ポリマ－24,9564
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.350, 63.204, 66.935
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peroxisomal membrane protein PAS20 / Peroxin-13 / PEX13


分子量: 10782.284 Da / 分子数: 2 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pMALc2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P80667
#2: タンパク質・ペプチド 14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14 / Peroxin-14


分子量: 1695.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized. This sequence occurs naturally in Saccharomyces cerevisiae.
参照: UniProt: P53112
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: Ammonium sulfate, lithium sulfate, tris, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.25 mMPex13p(SH3)1drop
25 mMpeptide1drop
32.0 Mammonium sulfate1reservoir
4100 mMTris1reservoirpH7.3
5200 mMlithium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年12月10日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→25 Å / Num. all: 6298 / Num. obs: 5907 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 65 Å2 / Rsym value: 0.0065 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル最高解像度: 2.7 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.033 / % possible all: 97.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 25 Å / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.33

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BEASTモデル構築
REFMAC5精密化
BEAST位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 13.558 / SU ML: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.36 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27306 265 4.5 %RANDOM
Rwork0.24434 ---
all0.2456 6298 --
obs0.24568 5563 93.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.974 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3 Å20 Å20 Å2
2--2.31 Å20 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1326 0 0 18 1344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0221329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7681.9661808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5483156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.7715243
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021034
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.280.3604
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.5131
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2690.353
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.56
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.871.5809
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63121301
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1413520
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5064.5507
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.433 23
Rwork0.291 400
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3703-0.383-1.29016.6867-0.31587.0682-0.00520.3273-0.2782-0.2535-0.1054-0.1954-0.0356-0.11280.11060.1065-0.0185-0.05120.0067-0.01030.1314-8.97614.82715.97
28.7024-0.5269-2.59215.7616-0.14498.0826-0.20520.5857-0.4655-0.03670.12270.03070.4923-0.29580.08240.1577-0.0082-0.00370.063-0.03710.123722.75130.619-0.169
329.5623-4.942914.251511.74742.120218.17470.9774-0.76340.1905-0.9687-0.67780.6756-0.0088-0.7528-0.29960.22410.0116-0.06550.2148-0.05850.1963-13.5321.62425.493
449.29389.573616.09339.459719.273112.8367-0.9187-2.29010.27860.80470.1106-2.2551.17141.35920.80810.25530.04910.03010.26940.00860.430926.27339.9387.728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 777 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2BC11 - 7911 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3PB4 - 124 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4QD4 - 124 - 12
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.308 / Rfactor Rwork: 0.234
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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