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- PDB-1mvq: Cratylia mollis lectin (isoform 1) in complex with methyl-alpha-D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mvq
タイトルCratylia mollis lectin (isoform 1) in complex with methyl-alpha-D-mannose
要素lectin, isoform 1レクチン
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / legume lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


D-glucose binding / D-mannose binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-mannopyranoside / : / Mannose/glucose-specific lectin Cramoll
類似検索 - 構成要素
生物種Cratylia mollis (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者de Souza, G.A. / Oliveira, P.S. / Trapani, S. / Correia, M.T. / Oliva, G. / Coelho, L.C. / Greene, L.J.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2003
タイトル: Amino acid sequence and tertiary structure of Cratylia mollis seed lectin
著者: De Souza, G.A. / Oliveira, P.S. / Trapani, S. / Santos, A.C. / Rosa, J.C. / Laure, H.J. / Correia, M.T. / Tavares, G.A. / Oliva, G. / Coelho, L.C. / Greene, L.J.
履歴
登録2002年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lectin, isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6834
ポリマ－25,3941
非ポリマー2893
水3,225179
1
A: lectin, isoform 1
ヘテロ分子

A: lectin, isoform 1
ヘテロ分子

A: lectin, isoform 1
ヘテロ分子

A: lectin, isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,73316
ポリマ－101,5764
非ポリマー1,15712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area11030 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area32200 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)63.449, 77.956, 105.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-391-

HOH

21A-392-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer - a dimer of a dimer - generated from the monomer in the asymmetric unit. The first dimer is generated by the operations: x, y, z and -x, y, -z+1. The second dimer is generated by the operations: x, -y+1, -z+1 and -x, -y+1, z

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要素

#1: タンパク質 lectin, isoform 1 / レクチン


分子量: 25393.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Seed / 由来: (天然) Cratylia mollis (マメ科) / 参照: UniProt: P83721
#2: 糖 ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside / メチルα-D-マンノピラノシド / Methylglucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DManp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-mannoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, microgravity / pH: 4.5
詳細: PEG 6000, sodium chloride, O1-methyl-alpha-D-mannose, acetate buffer, pH 4.5, Vapor diffusion, microgravity, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tavares, G.A., (1996) Acta Crystallogr., D52, 1046.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112 mg/mlprotein1drop
20.01 Msodium acetate1reservoirpH4.5
30.15 M1reservoirNaCl
49 %(w/v)PEG60001reservoir
50.01 M1reservoirNaN3
60.15 Mmethyl-alpha-D-mannopyranoside1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.38 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→9.94 Å / Num. all: 25553 / Num. obs: 25553 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.76 % / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2 / Rsym value: 0.068
反射 シェル解像度: 1.77→1.81 Å / 冗長度: 3.72 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 1767 / Rsym value: 0.068 / % possible all: 98.1
反射
*PLUS
冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.345

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.09精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5CNA

5cna


解像度: 1.77→9.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.698 / SU ML: 0.054 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.89 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16991 1288 5 %RANDOM
Rwork0.14023 ---
all0.14173 24265 --
obs0.14173 24265 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.688 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.22 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→9.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1778 0 15 179 1972
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5991.9412610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7285235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.29815305
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021399
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2776
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.260.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0950.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1041.51198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.02221976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8583706
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6334.5634
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.83 Å / Total num. of bins used: 15 /
Rfactor反射数
Rfree0.207 124
Rwork0.179 2256
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.043 Å / Origin y: 24.965 Å / Origin z: 38.226 Å
111213212223313233
T0.0001 Å20.003 Å20.002 Å2-0.1496 Å2-0.0219 Å2--0.0998 Å2
L1.2375 °2-0.3185 °2-0.2831 °2-0.7974 °20.1075 °2--1.3201 °2
S-0.0345 Å °-0.0001 Å °-0.0867 Å °-0.0384 Å °0.0379 Å °-0.0059 Å °0.1401 Å °0.0714 Å °-0.0034 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 2361 - 236
2X-RAY DIFFRACTION1AB2371
3X-RAY DIFFRACTION1AC - D238 - 2391
4X-RAY DIFFRACTION1AE240 - 4181 - 179
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.17 / Rfactor Rwork: 0.142
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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