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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mst | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MS2 CAPSIDS WITH MUTATIONS IN THE SUBUNIT FG LOOP | |||||||||
要素 | BACTERIOPHAGE MS2 CAPSID | |||||||||
キーワード | VIRUS (ウイルス) / BACTERIOPHAGE COAT PROTEIN / Icosahedral virus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of viral translation / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Enterobacterio phage MS2 (ファージ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Liljas, L. / Stonehouse, N.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Crystal structures of MS2 capsids with mutations in the subunit FG loop. 著者: Stonehouse, N.J. / Valegard, K. / Golmohammadi, R. / van den Worm, S. / Walton, C. / Stockley, P.G. / Liljas, L. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1991 タイトル: Structure Determination of the Bacteriophage MS2 著者: Valegard, K. / Liljas, L. / Fridborg, K. / Unge, T. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1990 タイトル: The Three-Dimensional Structure of the Bacterial Virus MS2 著者: Valegard, K. / Liljas, L. / Fridborg, K. / Unge, T. #3: ジャーナル: Semin.Virol. / 年: 1990 タイトル: The Structure of Bacteriophage MS2 著者: Liljas, L. / Valegard, K. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986 タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Data of the Bacteriophage MS2 著者: Valegard, K. / Unge, T. / Montelius, I. / Strandberg, B. / Fiers, W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mst.cif.gz | 84.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mst.ent.gz | 68 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mst.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/1mst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/1mst | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60|||||||||||||||||||||||||||||||||
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3 |
| x 5|||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| x 6|||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
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6 |
| x 10|||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO B 78 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13724.438 Da / 分子数: 3 / 変異: E76D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacterio phage MS2 (ファージ) 属: LevivirusEmesvirus / 生物種: Enterobacteria phage MS2Bacteriophage MS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03612 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | *PLUS 温度: 37 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87,0.93,0.95 | ||||||||||||
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE | ||||||||||||
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | Num. obs: 247689 / Rmerge(I) obs: 0.115 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 10.59 Å / % possible obs: 79 % / Rmerge(I) obs: 0.115 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.67 Å / % possible obs: 47 % / Num. unique obs: 10886 / Rmerge(I) obs: 0.313 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.6→15 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |