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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mlq | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL AND FUNCTIONAL EFFECTS OF APOLAR MUTATIONS OF VAL68(E11) IN MYOGLOBIN | ||||||
要素 | MYOGLOBIN | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Quillin, M.L. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Structural and functional effects of apolar mutations of the distal valine in myoglobin. 著者: Quillin, M.L. / Li, T. / Olson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Duo, Y. / Ikeda-Saito, M. / Regan, R. / Carlson, M. / Gibson, Q.H. / Li, H. / Elber, R. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: High-Resolution Crystal Structures of Distal Histidine Mutants of Sperm Whale Myoglobin 著者: Quillin, M.L. / Arduini, R.M. / Olson, J.S. / Phillips Jr., G.N. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: A Novel Site-Directed Mutant of Myoglobin with an Unusually High O2 Affinity and Low Autooxidation Rate 著者: Carver, T.E. / Brantley Junior, R.E. / Singleton, E.W. / Arduini, R.M. / Quillin, M.L. / Phillips Jr., G.N. / Olson, J.S. #3: ジャーナル: Proteins / 年: 1990 タイトル: Crystal Structure of Myoglobin from a Synthetic Gene 著者: Phillips Jr., G.N. / Arduini, R.M. / Springer, B.A. / Sligar, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mlq.cif.gz | 47.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mlq.ent.gz | 33.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mlq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mlq_validation.pdf.gz | 814.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mlq_full_validation.pdf.gz | 822.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mlq_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mlq_validation.cif.gz | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/1mlq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/1mlq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE LEU 68 HAS BEEN MODELED IN TWO CONFORMATIONS. / 2: THIS CARBON IS COORDINATED WITH FE OF THE HEME GROUP. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17379.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 参照: UniProt: P02185 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 化合物 | ChemComp-CMO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.17 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 9 / 手法: batch method / 詳細: micro seeding | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % possible obs: 94 % / Rmerge(I) obs: 0.095 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.1506 / Rfactor obs: 0.1506 / 最高解像度: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.151 / Rfactor Rwork: 0.151 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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