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- PDB-1mh5: The Structure Of The Complex Of The Fab Fragment Of The Esterolyt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mh5
タイトルThe Structure Of The Complex Of The Fab Fragment Of The Esterolytic Antibody MS6-164 and A Transition-State Analog
要素(IMMUNOGLOBULIN MS6-164) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / CATALYTIC ANTIBODY (抗体酵素) / ESTER HYDROLYSIS (エステル) / ESTEROLYTIC / FAB / IMMUNOGLOBULIN (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


Fc-gamma receptor I complex binding / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell differentiation / antibacterial humoral response / extracellular space / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HAL / Immunoglobulin kappa constant / Ig gamma-2A chain C region, A allele
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ruzheinikov, S.N. / Muranova, T.A. / Sedelnikova, S.E. / Partridge, L.J. / Blackburn, G.M. / Murray, I.A. / Kakinuma, H. / Takashi, N. / Shimazaki, K. / Sun, J. ...Ruzheinikov, S.N. / Muranova, T.A. / Sedelnikova, S.E. / Partridge, L.J. / Blackburn, G.M. / Murray, I.A. / Kakinuma, H. / Takashi, N. / Shimazaki, K. / Sun, J. / Nishi, Y. / Rice, D.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: High-resolution crystal structure of the Fab-fragments of a family of mouse catalytic antibodies with esterase activity
著者: Ruzheinikov, S.N. / Muranova, T.A. / Sedelnikova, S.E. / Partridge, L.J. / Blackburn, G.M. / Murray, I.A. / Kakinuma, H. / Takashi, N. / Shimazaki, K. / Sun, J. / Nishi, Y. / Rice, D.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: The preparation and crystallization of Fab fragments of a family of mouse esterolytic catalytic antibodies and their complexes with a transition-state analogue
著者: Muranova, T.A. / Ruzheinikov, S.N. / Sedelnikova, S.E. / Moir, A. / Partridge, L.J. / Kakinuma, H. / Takashi, N. / Shimazaki, K. / Sun, J. / Nishi, Y. / Rice, D.W.
履歴
登録2002年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
Remark 999sequence an appropriate sequence database reference was not available at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMMUNOGLOBULIN MS6-164
B: IMMUNOGLOBULIN MS6-164
L: IMMUNOGLOBULIN MS6-164
H: IMMUNOGLOBULIN MS6-164
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2178
ポリマ－98,0724
非ポリマー1,1454
水9,314517
1
A: IMMUNOGLOBULIN MS6-164
B: IMMUNOGLOBULIN MS6-164
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6084
ポリマ－49,0362
非ポリマー5732
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17540 Å2
手法PISA
2
L: IMMUNOGLOBULIN MS6-164
H: IMMUNOGLOBULIN MS6-164
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6084
ポリマ－49,0362
非ポリマー5732
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.346, 117.104, 114.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-285-

HOH

21A-292-

HOH

31L-215-

HOH

-
要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN MS6-164


分子量: 24181.863 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment, LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: fusing of mouse splenocytes with myeloma cell / 細胞株: hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN MS6-164


分子量: 24853.977 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment, HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: fusing of mouse splenocytes with myeloma cell / 細胞株: hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01863*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-HAL / N-{[2-({[1-(4-CARBOXYBUTANOYL)AMINO]-2-PHENYLETHYL}-HYDROXYPHOSPHINYL)OXY]ACETYL}-2-PHENYLETHYLAMINE


分子量: 476.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H29N2O7P
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.3
詳細: PEG 8000, LITIUM SULPHATE, ACETIC ACID, pH 3.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
130 %(w/v)PEG40001reservoir
20.2 M1reservoirMgCl2
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5
420 %PEG33501reservoir
50.2 Mpotassium thiocyanate1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.244 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.244 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→10 Å / Num. all: 51508 / Num. obs: 51508 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 47.5
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 47.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A3L

1a3l


解像度: 2.1→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.288 2585 RANDOM
Rwork0.218 --
all-51508 -
obs-51508 -
原子変位パラメータBiso mean: 54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5966 0 76 517 6559
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009939
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.5482
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.8583.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.6424
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.3014
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.1984.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4hap.param
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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