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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lz9 | ||||||
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タイトル | ANOMALOUS SIGNAL OF SOLVENT BROMINES USED FOR PHASING OF LYSOZYME | ||||||
要素 | PROTEIN (LYSOZYME) | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / LYSOZYME (リゾチーム) / SOLVENT BROMIDES / ANOMALOUS DISPERSION (分散 (光学)) / SINGLE WAVELENGTH | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Dauter, Z. / Dauter, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Anomalous signal of solvent bromides used for phasing of lysozyme. 著者: Dauter, Z. / Dauter, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lz9.cif.gz | 44.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lz9.ent.gz | 29.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lz9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/1lz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/1lz9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8lyzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BROMIDE AND SODIUM IONS PRESENT / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / Cell: EGG / 細胞内の位置: CYTOPLASM (WHITE) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-BR / #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.6 詳細: CRYSTALLIZED IN HANGING DROPS. 15 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.6 AND 1 M SODIUM BROMIDE. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.9188, 0.9195, 0.9198, 0.9201 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月1日 / 詳細: BENT MIRROR | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 13429 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 50.2 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 10 / Rsym value: 0.182 / % possible all: 80 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 8LYZ 解像度: 1.7→20 Å / SU B: 2.7 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.162
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |