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- PDB-1lyq: Crystal Structure of PcoC, a Methionine Rich Copper Resistance Pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lyq
タイトルCrystal Structure of PcoC, a Methionine Rich Copper Resistance Protein from Escherichia coli
要素PcoC copper resistance protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / BETA BARREL (Βバレル) / IG DOMAIN (免疫グロブリンフォールド)
機能・相同性
機能・相同性情報


copper ion transport / response to copper ion / ペリプラズム / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Copper transport protein C/D / : / CopC domain / CopC domain / Immunoglobulin-like - #1220 / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper resistance protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Huffman, D.L. / Finney, L.A. / Demeler, B. / O'Halloran, T.V. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: J.BIOL.INORG.CHEM. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure and dimerization equilibria of PcoC, a methionine-rich copper resistance protein from Escherichia coli
著者: Wernimont, A.K. / Huffman, D.L. / Finney, L.A. / Demeler, B. / O'Halloran, T.V. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2002年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PcoC copper resistance protein
B: PcoC copper resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5887
ポリマ－22,1272
非ポリマー4605
水5,783321
1
A: PcoC copper resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4325
ポリマ－11,0641
非ポリマー3684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PcoC copper resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1562
ポリマ－11,0641
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.123, 70.123, 39.072
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 PcoC copper resistance protein / Copper resistance protein C


分子量: 11063.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: plasmid pRJ1004 / プラスミド: pDLHII265 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47454
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 81 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→35 Å / Num. all: 30640 / Num. obs: 29303 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2399 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb from MAD solution

解像度: 1.5→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 2926 -random
Rwork0.216 ---
all0.216 30640 --
obs0.216 29303 95.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å20 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---1.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1532 0 30 321 1883
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.013
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 370 -
Rwork0.242 --
obs-3658 95.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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