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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lyo | ||||||
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タイトル | CROSS-LINKED LYSOZYME CRYSTAL IN NEAT WATER | ||||||
要素 | LYSOZYMEリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE (O-GLYCOSYL) / LYSOZYME (リゾチーム) / CROSS-LINKED (架橋) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / DIRECT REFINEMENT / 解像度: 1.93 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, Q. / Wang, Z. / Zhu, G. / Qian, M. / Shao, M. / Jia, Y. / Tang, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1998 タイトル: X-ray studies on cross-linked lysozyme crystals in acetonitrile-water mixture. 著者: Wang, Z. / Zhu, G. / Huang, Q. / Qian, M. / Shao, M. / Jia, Y. / Tang, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lyo.cif.gz | 33.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lyo.ent.gz | 25.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lyo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/1lyo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/1lyo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / Cell: EGG / 細胞内の位置: CYTOPLASM (WHITE) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.09 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.3 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM SODIUM ACETATE BUFFER (PH 4.3) CONTAINING 6.0% (W/V) SODIUM CHLORIDE | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 24-25 ℃ / pH: 4.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 285 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→80 Å / Num. obs: 7746 / % possible obs: 79.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 37608 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIRECT REFINEMENT 開始モデル: PDB ENTRY 6LYT 解像度: 1.93→8 Å / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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