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- PDB-1lqj: ESCHERICHIA COLI URACIL-DNA GLYCOSYLASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lqj
タイトルESCHERICHIA COLI URACIL-DNA GLYCOSYLASE
要素URACIL-DNA GLYCOSYLASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSYLASE / DNA REPAIR (DNA修復) / BASE EXCISION
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 1 / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily ...Uracil-DNA glycosylase family 1 / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Saikrishnan, K. / Sagar, M.B. / Ravishankar, R. / Roy, S. / Purnapatre, K. / Varshney, U. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Domain closure and action of uracil DNA glycosylase (UDG): structures of new crystal forms containing the Escherichia coli enzyme and a comparative study of the known structures involving UDG.
著者: Saikrishnan, K. / Bidya Sagar, M. / Ravishankar, R. / Roy, S. / Purnapatre, K. / Handa, P. / Varshney, U. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1998
タイトル: X-ray analysis of a complex of Escherichia coli uracil DNA glycosylase (ECUDG) with a proteinaceous inhibitor. The structure elucidation of a prokaryotic UDG
著者: Ravishankar, R. / Sagar, M.B. / Roy, S. / Purnapatre, K. / Handa, P. / Varshney, U. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1998
タイトル: Use of a coupled transcriptional system for consistent overexpression and purification of UDG-UGI complex and ugi from Escherichia coli
著者: Roy, S. / Purnapatre, K. / Handa, P. / Boyanapalli, M. / Varshney, U.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Protein mimicry of DNA from crystal structures of the uracil-DNA glycosylase inhibitor protein and its complex with Escherichia coli uracil-DNA glycosylase.
著者: Putnam, C.D. / Shroyer, M.J.N. / Lundquist, A.J. / Mol, C.D. / Arvai, A.S. / Mosbaugh, D.W. / Tainer, J.A.
履歴
登録2002年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: URACIL-DNA GLYCOSYLASE
B: URACIL-DNA GLYCOSYLASE
C: URACIL-DNA GLYCOSYLASE
D: URACIL-DNA GLYCOSYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,9014
ポリマ－102,9014
非ポリマー00
水3,153175
1
A: URACIL-DNA GLYCOSYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7251
ポリマ－25,7251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: URACIL-DNA GLYCOSYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7251
ポリマ－25,7251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: URACIL-DNA GLYCOSYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7251
ポリマ－25,7251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: URACIL-DNA GLYCOSYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7251
ポリマ－25,7251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.210, 125.210, 90.047
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
URACIL-DNA GLYCOSYLASE / / E.C.3.2.2.- / UDG / URACIL-DNA-GLYCOSYLASE


分子量: 25725.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P12295, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 20mM Tris-HCl, 100mM NaCl, 15% PEG 8000, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH7.4
3100 mM1dropNaCl
415 %(w/v)PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→20 Å / Num. all: 20394 / Num. obs: 20394 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.154 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.369 / % possible all: 94.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 38941 / Rmerge(I) obs: 0.154
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.8 % / Rmerge(I) obs: 0.369

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UUG

1uug


解像度: 3.35→20 Å / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.326 1101 5.8 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.241 18979 84 %-
all-18979 --
原子変位パラメータBiso mean: 28.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.4 Å
Luzzati d res low-10 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7157 0 0 175 7332
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.91
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.027
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 171 -
Rwork0.271 --
obs-2887 81.1 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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