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- PDB-1lkj: NMR Structure of Apo Calmodulin from Yeast Saccharomyces cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lkj
タイトルNMR Structure of Apo Calmodulin from Yeast Saccharomyces cerevisiae
要素Calmodulinカルモジュリン
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / yeast calmodulin (カルモジュリン) / saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / EF-hand (EFハンド)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane tubulation / spindle pole body organization / cell budding / myosin I complex / central plaque of spindle pole body / regulation of microtubule nucleation / cellular bud / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / myosin V complex / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion ...regulation of membrane tubulation / spindle pole body organization / cell budding / myosin I complex / central plaque of spindle pole body / regulation of microtubule nucleation / cellular bud / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / myosin V complex / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / vacuole fusion, non-autophagic / microautophagy / actin cortical patch / incipient cellular bud site / cellular bud tip / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle transport along actin filament / phosphatidylinositol biosynthetic process / mitogen-activated protein kinase binding / enzyme regulator activity / cytoskeleton organization / Neutrophil degranulation / receptor-mediated endocytosis / エンドサイトーシス / protein import into nucleus / calcium-dependent protein binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
カルモジュリン
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ishida, H. / Nakashima, K. / Kumaki, Y. / Nakata, M. / Hikichi, K. / Yazawa, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: The solution structure of apocalmodulin from Saccharomyces cerevisiae implies a mechanism for its unique Ca2+ binding property.
著者: Ishida, H. / Nakashima, K. / Kumaki, Y. / Nakata, M. / Hikichi, K. / Yazawa, M.
履歴
登録2002年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0171
ポリマ－16,0171
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)31 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin / カルモジュリン / CaM


分子量: 16016.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET30b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06787

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1214D 13C-separated NOESY
1323D 15N-separated NOESY
142HNHA
1532D NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0-1.4mM Yeast Calmudulin U-15N,13C; 50mM KCl99.99% D2O
21.0-1.4mM Yeast Calmudulin U-15N; 50mM KCl90% H2O/10% D2O
31.0-1.4mM Yeast Calmodulin; 50mM KCl99.99% D2O
試料状態イオン強度: 50mM KCl / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
JEOL AJEOLA6001
Varian UNITYVarianUNITY5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851Brunger, A. T.構造決定
X-PLOR3.851Brunger, A. T.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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