+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1leh | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | LEUCINE DEHYDROGENASE FROM BACILLUS SPHAERICUS | ||||||
要素 | LEUCINE DEHYDROGENASEロイシンデヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on the CH-NH2 group of donors, NAD or NADP as acceptor / amino acid metabolic process / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lysinibacillus sphaericus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Baker, P.J. / Turnbull, A.P. / Sedelnikova, S.E. / Stillman, T.J. / Rice, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: A role for quaternary structure in the substrate specificity of leucine dehydrogenase. 著者: Baker, P.J. / Turnbull, A.P. / Sedelnikova, S.E. / Stillman, T.J. / Rice, D.W. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystallization and Quaternary Structure Analysis of the Nad(+)-Dependent Leucine Dehydrogenase from Bacillus Sphaericus 著者: Turnbull, A.P. / Ashford, S.R. / Baker, P.J. / Rice, D.W. / Rodgers, F.H. / Stillman, T.J. / Hanson, R.L. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Evolution of Substrate Diversity in the Superfamily of Amino Acid Dehydrogenases. Prospects for Rational Chiral Synthesis 著者: Britton, K.L. / Baker, P.J. / Engel, P.C. / Rice, D.W. / Stillman, T.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1leh.cif.gz | 145.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1leh.ent.gz | 115.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1leh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/1leh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/1leh | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
| ||||||||||||
詳細 | THE MULTIMERIC STRUCTURES OF BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS LEUDH AND BACILLUS SUBTILIS HAVE BEEN REPORTED AS HEXAMERS ON THE BASIS OF GEL FILTRATION STUDIES; INDEED THE LEUCINE DEHYDROGENASE FROM BACILLUS SPHAERICUS WAS ALSO INITIALLY REPORTED AS A HEXAMER. HOWEVER THE X-RAY STRUCTURE IS MOST DEFINITELY A HOMOOCTAMER AND ON THE BASIS OF THE SEQUENCE IDENTITIES BETWEEN THE LEUDH'S FROM THE OTHER SPECIES, THEN THESE MUST ALL BE OCTAMERS AS WELL. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39086.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Lysinibacillus sphaericus (バクテリア) 参照: UniProt: Q7SIB4, EC: 1.4.1.9 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.912 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.912 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→19.8 Å / Num. obs: 57500 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.053 |
反射 | *PLUS Num. obs: 57499 / Num. measured all: 190002 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.201 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.017 |