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万見
- PDB-3vpx: Crystal structure of leucine dehydrogenase from a psychrophilic b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vpx
タイトルCrystal structure of leucine dehydrogenase from a psychrophilic bacterium Sporosarcina psychrophila.
要素Leucine dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / leucine dehydrogense / NAD/leucine binding
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-NH2 group of donors, NAD or NADP as acceptor / amino acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, bacterial/archaeal / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase ...Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, bacterial/archaeal / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sporosarcina psychrophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Zhao, Y. / Wakamatsu, T. / Doi, K. / Sakuraba, H. / Ohshima, T.
引用ジャーナル: J.MOL.CATAL., B ENZYM. / 年: 2012
タイトル: A psychrophilic leucine dehydrogenase from Sporosarcina psychrophila: Purification, characterization, gene sequencing and crystal structure analysis
著者: Zhao, Y. / Wakamatsu, T. / Doi, K. / Sakuraba, H. / Ohshima, T.
履歴
登録2012年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine dehydrogenase
B: Leucine dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7722
ポリマ－78,7722
非ポリマー00
水1,20767
1
A: Leucine dehydrogenase
B: Leucine dehydrogenase

A: Leucine dehydrogenase
B: Leucine dehydrogenase

A: Leucine dehydrogenase
B: Leucine dehydrogenase

A: Leucine dehydrogenase
B: Leucine dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,0908
ポリマ－315,0908
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area25080 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area107690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.589, 135.589, 123.553
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Leucine dehydrogenase / LeuDH


分子量: 39386.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sporosarcina psychrophila (バクテリア)
株: DSM 3 / 参照: UniProt: I0IJU1, EC: 1.4.1.9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.05M trisodium citrate dehydrate, 0.05M lithium sulfate, 0.75M ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月2日
放射モノクロメーター: Si double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 35953 / Num. obs: 35953 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 49.3
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique all: 1812 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LEH

1leh


解像度: 2.55→31.78 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 3177 -RANDOM
Rwork0.243 ---
all-31963 --
obs-31963 87.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.39 Å20 Å20 Å2
2---4.39 Å20 Å2
3---8.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→31.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5450 0 0 67 5517
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.017
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 471 -
Rwork0.305 --
obs-4073 75.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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