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万見
- PDB-1l8r: Structure of the Retinal Determination Protein Dachshund Reveals ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l8r
タイトルStructure of the Retinal Determination Protein Dachshund Reveals a DNA-Binding Motif
要素Dachshund
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / winged-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


development of primary female sexual characteristics / negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / respiratory gaseous exchange by respiratory system / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of DNA biosynthetic process / suckling behavior / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of cell migration / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding ...development of primary female sexual characteristics / negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / respiratory gaseous exchange by respiratory system / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of DNA biosynthetic process / suckling behavior / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of cell migration / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cell population proliferation / transcription regulator complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ski / SKI/SNO/DAC domain / Ski-like, DNA-binding domain superfamily / SKI/SNO/DAC family / Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dachshund homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Kim, S.S. / Zhang, R. / Braunstein, S.E. / Joachimiak, A. / Cvekl, A. / Hegde, R.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Structure of the retinal determination protein Dachshund reveals a DNA binding motif.
著者: Kim, S.S. / Zhang, R.G. / Braunstein, S.E. / Joachimiak, A. / Cvekl, A. / Hegde, R.S.
履歴
登録2002年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dachshund
B: Dachshund


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5702
ポリマ－22,5702
非ポリマー00
水2,756153
1
A: Dachshund


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2851
ポリマ－11,2851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dachshund


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2851
ポリマ－11,2851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.797, 47.731, 50.436
Angle α, β, γ (deg.)60.75, 86.86, 84.55
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Dachshund


分子量: 11285.039 Da / 分子数: 2 / 断片: DACHbox-N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI36
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: PEG 10000, Ammonium Sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125-30 %PEG100001reservoir
20.25 Mammonium sulfate1reservoir
35 mMdithiothreitol1reservoir
48 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97981, 0.97904, 0.95366
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月1日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979811
20.979041
30.953661
反射解像度: 1.65→25.14 Å / Num. all: 56014 / Num. obs: 53166 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / % possible all: 91.5
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 26123 / Num. measured all: 227661 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.5 % / Rmerge(I) obs: 0.233

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.65→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 5009 9.8 %RANDOM
Rwork0.237 ---
all0.237 56284 --
obs0.237 51275 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1539 0 0 153 1692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.0049
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.12
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.71
精密化
*PLUS
最低解像度: 6 Å / % reflection Rfree: 9 % / Rfactor obs: 0.237 / Rfactor Rfree: 0.251 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.0049
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.12
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.71
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.365 / Rfactor Rwork: 0.318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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