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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l8a | |||||||||
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タイトル | E. COLI PYRUVATE DEHYDROGENASE | |||||||||
要素 | Pyruvate dehydrogenase E1 component | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / THIAMIN DIPHOSPHATE (チアミンピロリン酸) / PYRUVATE (ピルビン酸) / ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / pyruvate dehydrogenase activity / ピルビン酸デヒドロゲナーゼ / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) activity / pyruvate catabolic process / ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体 / thiamine pyrophosphate binding / small molecule binding / glycolytic process / molecular adaptor activity ...: / pyruvate dehydrogenase activity / ピルビン酸デヒドロゲナーゼ / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) activity / pyruvate catabolic process / ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体 / thiamine pyrophosphate binding / small molecule binding / glycolytic process / molecular adaptor activity / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Furey, W. / Arjunan, P. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Structure of the pyruvate dehydrogenase multienzyme complex E1 component from Escherichia coli at 1.85 A resolution. 著者: Arjunan, P. / Nemeria, N. / Brunskill, A. / Chandrasekhar, K. / Sax, M. / Yan, Y. / Jordan, F. / Guest, J.R. / Furey, W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1l8a.cif.gz | 340.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1l8a.ent.gz | 270.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1l8a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/1l8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/1l8a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains a functional dimer, with the two identical molecules related by a non-crystallographic twofold axis. It also contains two thiamin diphosphate and two magnesium II ion cofactors. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 99657.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: JRG pGS878 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JRG 3456 参照: UniProt: P06958, UniProt: P0AFG8*PLUS, ピルビン酸デヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.05 詳細: PEG2000 monomethyl ether, propanol, sodium azide, Hepes buffer, magnesium chloride, thiamin diphosphate, pH 7.05, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.072 Å |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月27日 / 詳細: toroidal mirror |
放射 | モノクロメーター: curved silicon monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.072 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 146183 / Num. obs: 146183 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 17.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.94 Å / 冗長度: 2.23 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 13132 / Rsym value: 0.175 / % possible all: 70.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 528145 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 70.2 % / Rmerge(I) obs: 0.175 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→8 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.93 Å / Total num. of bins used: 8
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 125670 / Rfactor all: 0.198 / Rfactor obs: 0.192 / Rfactor Rfree: 0.236 / Rfactor Rwork: 0.189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.261 / % reflection Rfree: 6 % / Rfactor Rwork: 0.236 |