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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l7q | ||||||
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タイトル | Ser117Ala Mutant of Bacterial Cocaine Esterase cocE | ||||||
要素 | cocaine esteraseコカインエステラーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / beta-alpha-beta / cocaine hydrolase / active site mutant / benzoate product complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 コカインエステラーゼ / cocaine catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / dipeptidyl-peptidase activity / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodococcus sp. MB1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Turner, J.M. / Larsen, N.A. / Basran, A. / Barbas III, C.F. / Bruce, N.C. / Wilson, I.A. / Lerner, R.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Biochemical characterization and structural analysis of a highly proficient cocaine esterase 著者: Turner, J.M. / Larsen, N.A. / Basran, A. / Barbas III, C.F. / Bruce, N.C. / Wilson, I.A. / Lerner, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1l7q.cif.gz | 134.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1l7q.ent.gz | 103 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1l7q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/1l7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/1l7q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62167.352 Da / 分子数: 1 / 変異: S117A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. MB1 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9L9D7, カルボキシルエステラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-BEZ / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.36 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10 mM Tris, 25 mM NaCl, 1.4-1.6 M Ammonium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis / 詳細: Larsen, N.A., (2002) Nature Struct. Biol., 9, 17. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.965 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.965 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→30 Å / Num. all: 74054 / Num. obs: 74054 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.494 / % possible all: 98.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 3.5 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1JU4 解像度: 1.76→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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