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- PDB-1kuj: Crystal structure of Jacalin complexed with 1-O-methyl-alpha-D-mannose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kuj
タイトルCrystal structure of Jacalin complexed with 1-O-methyl-alpha-D-mannose
要素
  • JACALIN ALPHA CHAIN
  • JACALIN BETA CHAIN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN (レクチン) / BETA-PRISM FOLD / CARBOHYDRATE BINDING (炭水化物)
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-mannopyranoside / Agglutinin alpha chain / Agglutinin beta-1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Artocarpus integer (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bourne, Y. / Astoul, C.H. / Zamboni, V. / Peumans, W.J. / Menu-Bouaouiche, L. / Van Damme, E.J.M. / Barre, A. / Rouge, P.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2002
タイトル: Structural basis for the unusual carbohydrate-binding specificity of jacalin towards galactose and mannose.
著者: Bourne, Y. / Astoul, C.H. / Zamboni, V. / Peumans, W.J. / Menu-Bouaouiche, L. / Van Damme, E.J. / Barre, A. / Rouge, P.
履歴
登録2002年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: JACALIN ALPHA CHAIN
B: JACALIN BETA CHAIN
C: JACALIN ALPHA CHAIN
D: JACALIN BETA CHAIN
E: JACALIN ALPHA CHAIN
F: JACALIN BETA CHAIN
G: JACALIN ALPHA CHAIN
H: JACALIN BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,95912
ポリマ－66,1828
非ポリマー7774
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12490 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area24210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.795, 82.612, 63.482
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細TETRAMER OF FOUR ALPHA CHAINS ASSOCIATED WITH FOUR BETA CHAINS. THIS ENTRY CONTAINS A COMPLETE TETRAMER

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要素

#1: タンパク質
JACALIN ALPHA CHAIN / Agglutinin alpha chain


分子量: 14673.479 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 参照: UniProt: P18670
#2: タンパク質・ペプチド
JACALIN BETA CHAIN / Agglutinin beta chain


分子量: 1872.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 参照: UniProt: P18671
#3: 糖
ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside / メチルα-D-マンノピラノシド / Methylglucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DManp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-mannoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 8K, 10% ISOPROPANOL (V/V), 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMHEPES1droppH7.4
2150 mM1dropNaCl
318.5 mg/mlprotein1drop
420-22 %PEG80001reservoir
510 %(v/v)isopropanol1reservoir
60.1 MHEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2000年3月2日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33 Å / Num. obs: 38447 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 9.1 Å2 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 9.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 38468 / Num. measured all: 140888 / Rmerge(I) obs: 0.042
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.5 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Mean I/σ(I) obs: 3.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1KU8

1ku8


解像度: 2→19.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1509605.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 797 2.1 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.191 38431 97.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.8744 Å2 / ksol: 0.330889 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å212.4 Å2
2---6.42 Å20 Å2
3---6.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4597 0 52 305 4954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 138 2.3 %
Rwork0.275 5988 -
obs--94.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3MMA.PARMMA.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.235 / Rfactor Rwork: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.75
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.324 / Rfactor Rwork: 0.275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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