+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ku2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Thermus aquaticus RNA Polymerase Sigma Subunit Fragment Containing Regions 1.2 to 3.1 | ||||||
要素 | sigma factor sigA | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / helices (螺旋) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Campbell, E.A. / Muzzin, O. / Chlenov, M. / Sun, J.L. / Olson, C.A. / Weinman, O. / Trester-Zedlitz, M.L. / Darst, S.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002 タイトル: Structure of the bacterial RNA polymerase promoter specificity sigma subunit. 著者: Campbell, E.A. / Muzzin, O. / Chlenov, M. / Sun, J.L. / Olson, C.A. / Weinman, O. / Trester-Zedlitz, M.L. / Darst, S.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ku2.cif.gz | 103.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1ku2.ent.gz | 81.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ku2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/1ku2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/1ku2 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27614.887 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 92-332 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) プラスミド: pET21A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9EZJ8 #2: 化合物 | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.36 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: MOPS, ammonium sulfate, magnesium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22.5 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 24238 / Num. obs: 23536 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 24.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.147 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 96.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 97790 / Rmerge(I) obs: 0.037 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.5 % / Rmerge(I) obs: 0.147 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rfree: 0.271 / Rfactor Rwork: 0.23 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.00787 |