PDB-1kq7: E315Q Mutant Form of Fumarase C from E.coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kq7

タイトル

E315Q Mutant Form of Fumarase C from E.coli

要素

FUMARATE HYDRATASE CLASS II

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

fumarate lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

tricarboxylic acid cycle heteromeric enzyme complex /

fumarate hydratase activity /

フマル酸ヒドラターゼ / fumarate metabolic process / malate metabolic process /

クエン酸回路 / response to oxidative stress / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Weaver, T.M. / Estevez, M. / Skarda, J. / Spencer, J.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: X-ray crystallographic and kinetic correlation of a clinically observed human fumarase mutation.
著者: Estevez, M. / Skarda, J. / Spencer, J. / Banaszak, L. / Weaver, T.M.

履歴

登録	2002年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月16日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1kq7.cif.gz	176.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1kq7.ent.gz	141.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1kq7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/1kq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/1kq7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fuoS 1fup 1fuq 1fur S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6nzc-1 1fur-1 6nz9-1 1fuo-1 6n1m-1 6nza-1 1fuq-1 3tv2-1 2fus-1 1yfe-1 1fup-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (13) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FUMARATE HYDRATASE CLASS II

B: FUMARATE HYDRATASE CLASS II

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FUMARATE HYDRATASE CLASS II

B: FUMARATE HYDRATASE CLASS II

ヘテロ分子

A: FUMARATE HYDRATASE CLASS II

B: FUMARATE HYDRATASE CLASS II

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
203 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.02, 220.0, 86.23
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	20
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	C222₁

詳細

The second dimer is generated by application of the following rotation matrix 1.00x 0.00y 0.00z 207.96 0.00x 1.00y 0.00z 0.7685 0.00x 0.00y -1.00z 131.2386

#1: タンパク質	FUMARATE HYDRATASE CLASS II / E.C.4.2.1.2 / FUMARASE / fumC 分子量: 50547.785 Da / 分子数: 2 / 変異: Glu 315 to Glutamine / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fumc / プラスミド: pASK40 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P05042, フマル酸ヒドラターゼ
#2: 化合物	ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸 / リンゴ酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.57 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 3350, citrate dithiothreitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K

結晶化

*PLUS

pH: 5.6 / 手法: microdialysis

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	20 mM	Tris-HCl	1	1	pH7.5
2	5 mM	dithiothreitol	1	1
3	5 mM	EDTA	1	1
4	150 mM	sodium citrate	1	2	pH5.6
5	14 %	PEG3350	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年8月10日
放射	モノクロメーター: graphite crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→11.5 Å / Num. all: 22978 / Num. obs: 24817 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 16.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.1121 / R_sym value: 0.1819 / Net I/σ(I): 5.046
反射	PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 13 Å / % possible obs: 93.5 % / R_merge(I) obs*: 0.112

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR		モデル構築
X-PLOR	3.851	精密化
X-GEN		データ削減
X-GEN		データスケーリング
X-PLOR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 1fuo

1fuo

解像度: 2.6→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	1034	4.9 %	Random
R_work	0.179	-	-	-
all	0.179	25744	-	-
obs	0.179	21262	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6907	0	35	18	6960

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d	21.057
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d	1.269
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.261

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.71 Å /

	R_factor	反射数
R_free	0.329	42
R_work	0.235	-
obs	-	765

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.6 Å / R_factor all: 0.179 / R_factor R_free: 0.251 / R_factor R_work: 0.179

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_deg	21.057
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_deg	1.269

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.329 / R_factor R_work: 0.235

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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