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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ket | ||||||
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タイトル | The crystal structure of dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase (RmlB) from Streptococcus suis with thymidine diphosphate bound | ||||||
要素 | dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dTDP-glucose 4,6-dehydratase / dTDP-glucose 4,6-dehydratase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus suis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Allard, S.T.M. / Beis, K. / Giraud, M.-F. / Hegeman, A.D. / Gross, J.W. / Whitfield, C. / Graninger, M. / Messner, P. / Allen, A.G. / Naismith, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2002 タイトル: Toward a structural understanding of the dehydratase mechanism. 著者: Allard, S.T. / Beis, K. / Giraud, M.F. / Hegeman, A.D. / Gross, J.W. / Wilmouth, R.C. / Whitfield, C. / Graninger, M. / Messner, P. / Allen, A.G. / Maskell, D.J. / Naismith, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ket.cif.gz | 165.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ket.ent.gz | 128.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ket.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/1ket ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/1ket | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38982.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus suis (バクテリア) / 遺伝子: rmlB / Variant: serotype 2 / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P95780, dTDP-glucose 4,6-dehydratase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.33 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 35% w/v PEG 4000, 0.1M Citric acid pH 5.4, 0.3M ammonium sulphate and 3% 1,6-hexanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月4日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→52 Å / Num. obs: 104163 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 15.751 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 8000 / Rsym value: 0.251 / % possible all: 92.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 345981 / Rmerge(I) obs: 0.073 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.9 Å / % possible obs: 92.7 % / Num. unique obs: 14240 / Num. measured obs: 38348 / Rmerge(I) obs: 0.251 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1G1A 解像度: 1.8→500 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.3908 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→500 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 52 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.197 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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